1. Знакомство с Pymol
2. Работа Pymol
3. Cеми-эмпирические вычисления: Mopac
4. Abinitio вычисления для нафталина и азулена
5. Вычисление валентных параметров для молекулярной механики
6. Вычисление точечных зарядов и VdW параметров для молекулярной механики
7. Изучение работы методов контроля температуры в GROMACS
8. Молекулярная динамика биологических молекул в GROMACS
9. Анализ молекулярной динамики биологических молекул в GROMACS
10. Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом
11. Докинг низкомолекулярных лигандов в структуру белка
12. Пример использования трехмерного QSAR анализа для предсказания активности низкомолекулярных соединений в отношении данного белка.
13. Макромолекулярный докинг