Структура белка ацетоацетат декарбоксилазыСтруктура белка ацетоацетат декарбоксилазыНа рис.1 показана структура белка ацетоацетат декарбоксилазы, полученная из файла 3CMB.pdb при помощи программы JMol. С помощью JMol-скрипта атомы хлора покрашены в зелёный цвет, натрия - в сиреневый, α-спирали и β-листы покрашены в разные цвета, β-листы различных цепей отличаются по цвету. Моделью изображения аминокислот, не входящих в состав элементов вторичной структуры, является meshribbon.
Рисунок 1. Модель белка ацетоацетат декарбоксилазы.
JMol-скрипт, создающий данное изображение, приведён ниже.
load 3CMB.pdb cpk off wireframe off cartoons off backbone off select Cl spacefill IONIC dots select Na spacefill IONIC dots select sheet and not :B and not :C and not :D cartoons color red select sheet and not :A and not :C and not :D cartoons color orange select sheet and not :A and not :B and not :D cartoons color [255, 215, 0] select sheet and not :A and not :B and not :C cartoons color yellow select helix ribbons color [200, 0, 100] select protein and not sheet and not helix meshribbon color [225, 225, 225] select HOH cpk 50 select ligand and not Cl and not Na cpk 75 wireframe 50 background white zoom 100 rotate Y 100 rotate X -50 rotate Z 7
Информация о белке, полученная из файла 3CMB.pdb, приведена в таблице 1.
Таблица 1. Информация из файла 3CMB.pdb.
| Title | Crystal structure of acetoacetate decarboxylase (yp_001047042.1) from methanoculleus marisnigri jr1 at 1.60 a resolution |
| Compnd |
Mol_id: 1; molecule: acetoacetate decarboxylase; chain: a, b, c, d; engineered: yes |
| Remark | Resolution. 1.60 angstroms. |
| Hetnam |
Na sodium ion
Cl chloride ion
p33 3,6,9,12,15,18-hexaoxaicosane-1,20-diol
pe8 3,6,9,12,15,18,21-heptaoxatricosane-1,23-diol
peg di(hydroxyethyl)ether
|
| Formul |
mse 28(c5 h11 n o2 se)
na 12(na 1+)
cl 4(cl 1-)
p33 2(c14 h30 o8)
pe8 2(c16 h34 o9)
peg 9(c4 h10 o3)
hoh *1360(h2 o)
|