UniprotUniprotИдентификатор белка в Uniprot AC - A3CUL0. Он был найден при помощи сервиса ID Mapping на сайте Uniprot. Для того чтобы найти ортологов был использован Blast. Сначала я выполнил поиск только среди представителей рода Methanoculleus. Помимо M. marisnigri тот же белок был обнаружен только у M. bourgensis, поэтому пришлось ещё искать среди других организмов. Была найдена архея Methanofollis liminatans, относящаяся к тому же семейству Methanomicrobiaceae. Сравнительные характеристики всех трёх белков указаны в таблице 1.
| Метка поля | Содержание | |||
| Ацетоацетат декарбоксилаза Methanoculleus marisnigri | Ацетоацетат декарбоксилаза Methanoculleus bourgensis | Ацетоацетат декарбоксилаза Methanofollis liminatans | ||
| Идентификатор записи | ID | A3CUL0_METMJ | I7J9A4_METBM | J1ASZ3_9EURY |
| Код доступа первый ("Accession number") | AC | A3CUL0 | I7J9A4 | J1ASZ3 |
| Код(ы) доступа остальные | AC | - | - | - |
| Дата создания документа | DT | 20-MAR-2007 | 03-OCT-2012 | 03-OCT-2012 |
| Дата последнего исправления аннотации | DT | 11-JUN-2014 | 14-MAY-2014 | 16-APR-2014 |
| Название (краткое описание) белка | DE | Acetoacetate decarboxylase | Acetoacetate decarboxylase | Acetoacetate decarboxylase |
| Название организма | OS | Methanoculleus marisnigri (strain ATCC 35101 / DSM 1498 / JR1) | Methanoculleus bourgensis (strain ATCC 43281 / DSM 3045 / OCM 15 / MS2) (Methanogenium bourgense) | Methanofollis liminatans DSM 4140 |
| Таксономия | OC | Archaea; Euryarchaeota; Methanomicrobia; Methanomicrobiales; Methanomicrobiaceae; Methanoculleus. | Archaea; Euryarchaeota; Methanomicrobia; Methanomicrobiales; Methanomicrobiaceae; Methanoculleus. | Archaea; Euryarchaeota; Methanomicrobia; Methanomicrobiales; Methanomicrobiaceae; Methanofollis |
| Название локуса гена | GN | Memar_1128 | BN140_1595 | Metli_2259 |
| Номер публикции | RX | PubMed=21304656; DOI=10.4056/sigs.32535 | PubMed=22965103; DOI=10.1128/JB.01292-12 | - |
| Автор(-ы) публикации | RA | Anderson I.J., Sieprawska-Lupa M., Lapidus A., Nolan M., Copeland A., Glavina Del Rio T., Tice H., Dalin E., Barry K., Saunders E., Han C., Brettin T., Detter J.C., Bruce D., Mikhailova N., Pitluck S., Hauser L., Land M., Lucas S., Richardson P., Whitman W.B., Kyrpides N.C. | Maus I., Wibberg D., Stantscheff R., Eikmeyer F.G., Seffner A., Boelter J., Szczepanowski R., Blom J., Jaenicke S., Konig H., Puhler A., Schluter A. | Lucas S., Han J., Lapidus A., Bruce D., Goodwin L., Pitluck S., Peters L., Kyrpides N., Mavromatis K., Ivanova N., Mikhailova N., Lu M., Detter J.C., Tapia R., Han C., Land M., Hauser L., Markowitz V., Cheng J.-F., Hugenholtz P., Woyke T., Wu D., Spring S., Schuler E., Brambilla E., Klenk H.-P., Eisen J.A. |
| Название публикации | RT | "Complete genome sequence of Methanoculleus marisnigri Romesser et al. 1981 type strain JR1." | "Complete genome sequence of the hydrogenotrophic, methanogenic archaeon Methanoculleus bourgensis strain MS2T, isolated from a sewage sludge digester." | "The complete genome of Methanofollis liminatans DSM 4140." |
| Журнал | RL | Stand. Genomic Sci. 1:189-196(2009). | J. Bacteriol. 194:5487-5488(2012). | Submitted (AUG-2011) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases. |
| Чем обосновано существование белка | PE | Evidence at protein level | Predicted | Predicted |
| Ссылка (-и) на базу 3D структур PDB | DR | 3CMB | - | - |
Как видно из таблицы, о белках Methanoculleus bourgensis и Methanofollis liminatans известно меньше, чем об ацетоацетат декарбоксилазе Methanoculleus marisnigri. К примеру, отсутствуют данные об их 3D структуре.
Ответы на вопросы:
-Последовательности большинства белков начинаются с метионина. Почему? После биосинтеза в процессе созревания белка метионин может быть удален. Указан ли метионин в начальной позиции заданного белка? А удаляется ли он потом?
Метионин кодируется старт-кодоном AUG, с которого начинается процесс трансляции. Этот кодон определяет первую аминокислоту в полипептидной цепи.
-Какие ионы связываются с белком?
С белком связываются ионы натрия и хлора.
-Какие участки белка (напишите номера аминокислотных остатков) участвуют в связывании лиганда? Какого?
В связывании лиганда (гептаэтиленгликоль, P33 269) участвует аминокислотный остаток глутамина (GLN 201).