PSI-BLAST

PSI-BLAST

Для того чтобы составить семейство гомологов для последовательности Q1AHR3 нужно было использовать PSI-BLAST.

Таблица 1. Информация о поиске в PSI-BLAST

Номер итерации Число находок выше порога (0,005) Идентификатор худшей находки выше порога E-value этой находки Идентификатор лучшей находки ниже порога E-value этой находки 1 38 XP_006764663.1 1e-04 WP_028385632.1 1.8 2 40 XP_006089598.1 1e-06 XP_002460517.1 0.11 3 40 XP_006089598.1 1e-06 XP_007525814.1 0.015

При каждой итерации на выходе выдаются две таблицы, в первой находятся находки с E-value меньшим, чем 0,005, во второй - с большим. Для следующей итерации используются данные из первой таблицы. На третьей итерации количество находок уже стабилизировалось. Выравнивание всех 40 последовательностей гомологов показано на рис.1. Файл fasta с последовательностями и jar файл можно скачать можно по этой и этой ссылке соответственно.

Рисунок 1. Множественное выравнивание гомологов.

© Gordeev Anton

Дата последнего изменения 25.12.2013