BLASTBLASTДля того чтобы найти гомологов белка ацетоацетат декарбоксилазы Methanoculleus marisnigri был использован сервис BLAST. Результат поиска показан на рис.1.
Рисунок 1. Фрагмент таблицы результатов поиска, полученной при помощи BLAST.
Ниже расшифрованы названия колонок выходной таблицы:
Среди всех находок был выбран белок ацетоацетат декарбоксилазы Methanoplanus petrolearius DSM 11571 (YP_003893417.1). На рис.2 показано выравнивание данного белка с белком Methanoculleus marisnigri (YP_001047042.1).
Рисунок 2. Выравнивание белков Methanoplanus petrolearius и Methanoculleus marisnigri.
На рис.3 изображена карта локального сходства для этих белков, полученная при помощи BLAST. На осях указаны идентификаторы соответствующих белков и номера аминокислотных остатков. Линия указывает на сходство остатков.
Рисунок 3. Карта локального сходства белков YP_003893417.1 и YP_001047042.1.
Также был выполнен поиск гомологов среди эукариотических организмов (рис.4). Было найдено 68 белков, среди которых 54 являются гомологами, если считать что для них E-value должно быть меньше 0.001. Тем не менее процент сходства низок, поэтому общее происхождение маловероятно.
Рисунок 4. Фрагмент таблицы результатов поиска гомологов среди эукариотических организмов.
Для пятнадцати белков было выполнено множественное выравнивание (рис.5). Консервативных колонок - 12%, функционально консервативных - 39%. Скачать файл fasta с последовательностями этих белков можно по этой ссылке.
Рисунок 5. Множественное выравнивание пятнадцати белков-гомологов эукариот, раскраска Clustalx, identity threshold > 70.