Понятие о выравниванииПонятие о выравниванииБыло выбрано множественное выравнивание aln26_1.fa. Использована раскраска ClustalX, консервативность "Above identity threshold" - 70%.
На рис. 1 и 2 показаны два участка, на которых можно ожидать гомологию аминокислотных остатков из всех последовательностей. Файл с этими блоками в формате .jar можно скачать по этой и этой ссылке.
Рисунок 1. Вертикальный блок (коорд. 1-30)
Рисунок 2. Вертикальный блок (коорд. 219-237)
Был найден участок, на котором аминокислотные остатки у нескольких последоватьльностей предположительно гомологичны, а у остальных - нет. Данный участок показан на рис.3. Скачать файл .jar можно по этой ссылке.
Рисунок 3. Участок, на котором аминокислотные остатки у нескольких последоватьльностей(выделены) предположительно гомологичны, а у остальных - нет (коорд. 55-64).
Таблица 1. Таблица консервативных позиций для первого вертикального блока (коорд. 1-30)
| Количество | Процент | |
| Абсолютно консервативных позиций | 15 | 50% |
| Абсолютно функционально консервативных позиций | 21 | 70% |
| Консервативных на 70% позиций | 26 | 87% |
| Функционально консервативных на 70% позиций | 28 | 93% |
На рис.4 показан участок выравнивания, содержащий два близко расположенных вертикальных блока. Число всех позиций - 64, число позиций с гэпами - 11, процент позиций с гэпами - 17%. Скачать файл в формате .jar можно по этой ссылке.
Рисунок 4. Участок с двумя вертикальными блоками.
Была добавлена последовательность seqdump26_1.fasta. Результат её выравнивания вручную относительно первого вертикального блока можно увидеть на рис.5. Скачать файл .jar можно по этой ссылке.
Рисунок 5. Выравнивание вместе с добавленной последовательностью (нижняя).
LOGO выбранного блока, полученное с помощью http://weblogo.berkeley.edu/logo.cgi, показано на рис.6.
Рисунок 6. LOGO.
Было выбрано пять заведомо негомологичных белков, их выравнивание показано на рис.7 и рис.8, при этом параметр Above identity threshold - 0%.
Рисунок 7.
Рисунок 8.
В данном выравнивании цветные остатки расположены неупорядоченно, число гэпов очень велико, всё это не свидетельствует о родстве белков. Файл в формате .jar с последовательностями можно скачать по этой ссылке.