Множественные выравнивания. PfamМножественные выравнивания. PfamБыли найдены семь белков-гомологов ацетоацетат декарбоксилазы Methanoculleus marisnigri с помощью Blast.
Сначала нужно было выполнить множественное выравнивание этих белков при помощи программы MUSCLE сервиса EMBOSS (fasta-файл). Для запуска программы была подана следующая строчка:
muscle -in homologs.fasta -out aln.fasta
Далее была испоьзована программа MAFFT для создания другого выравнивания этих белков (fasta-файл). Для неё была написана следующая команда:
mafft homologs.fasta > aln2.fasta
Для сравнения полученных выравниваний было выполнено их выравнивание с помощью MUSCLE (fasta-файл). Для этого была введена следующая команда:
muscle -profile -in1 aln.fasta -in2 aln2.fasta -out aln3.fasta
Результат операции показан на рис.1.
Рисунок 1. Сравнение двух выравниваний, верхняя группа - выравнивание в MUSCLE (раскраска Clustalx), нижняя - в MAFFT (раскраска Blosum).
Различия между этими выравниваниями, как видно, незначительны, разница есть только на 36-39 и 170-186 позициях.
Для того чтобы получить информацию о домене в исходной последовательности была использована база данных Pfam. В результате выяснилось, что домен относится к семейству ADC (Acetoacetate decarboxylase). Ацетоацетат декарбоксилаза (ADC) участвует в сольвентогенезе (процессе образования растворителей) у определённых бактерий , который происходит в конце экспоненциальной фазы роста, когда есть метаболический переход от классической ферментации сахара с производством ацетата и бутирата к реинтернализации и окислению этих кислот в ацетат и бутанол [PUBMED:11824611].
Seed-выравнивание семейства показано на рис.2.
Рисунок 2. Seed-выравнивание.
Скачать проект JalView можно по этой ссылке.