Описание области контакта c лигандом (гептаэтиленгликоль)Описание области контакта c лигандом (гептаэтиленгликоль)В данном белке лигандами являются ионы хлора и натрия, а также молекулы гепта-, ди- и октаэтиленгликоля. Я выбрал гептаэтиленгликоль. Его английское название heptaethyleneglycol, название в файле PDB - P33 269. Судя по следующей реакции, ферментируемой белком ацетоацетат декарбоксилазы (взято из википедии):
Данный лиганд однозначно не является субстратом, т. к. у него отсутствуют карбонильные группы.
На рис.1 показана область контакта лиганда и белка. Глутамин образует водородную связь с третьим кислородом от начала лиганда. Молекулы воды взаимодействуют с другими атомами кислорода, а также образуют связи с тирозином, лизином и аспарагином.
Рисунок 1. Изображение взаимодействия лиганда с элементами структуры белка.
Изображение получено при помощи Данного JMol-скрипта.