Сравнение структуры ацетоацетат декарбоксилазыСравнение структуры ацетоацетат декарбоксилазыДля сравнения структуры ацетоацетат декарбоксилазы с другими белками я выбрал такой же белок из другого организма - бактерии Legionella pneumophila. PDB-код белка: 3C8W. Его последовательность указана ниже:
GMDKYLSANSLEGVIDNEFSMPAPRWLNTYPAGPYRFINREFFIIAYETDPDLLQAILPPDMELLEPVVKFEFIRMPDST GFGDYTESGQVVPVRYKGEEGGFTISMFLDCHAPIAGGREIWGFPKKLAKPKLFVEEDTLIGILKYGSIDIAIATMGYKH RPLDAEKVLESVKKPVFLLKNIPNVDGTPLVNQLTKTYLTDITVKGAWTGPGSLELHPHALAPISNLYIKKIVSVSHFIT DLTLPYGKVVADYLA
На рис.1 показана первая страница результатов поиска в PDBeFold.
Рисунок 1. Результат поиска.
Сравнение двух белков показано на рис. 2.
Рисунок 2. Параметры сходства.
При помощи JMol было построено совмещение этих белков. Один участок совмещения показан на рис.3. Зелёным цветом показана цепь ацетоацетат декарбоксилазы L.pneumophila, жёлтым - M.marisnigri. C-α атомы, находящиеся на расстоянии меньше 2A от C-α атомов другой цепи выделены в шариковой модели. Красным цветом обозначены участки цепи, не имеющие аналога в другой.
Рисунок 3. Совмещение структур двух белков.