Филогенетические деревья:

• Фиолгенетическое дерево
• Программа реконструкции филогенетических деревьев TreeTop
• Алгоритмы реконструкции деревьев
• Анализ деревьев, содержащих паралоги. Особенности работы с нуклеотидными последовательностями

Функции:

• Домены. БД Pfam, InterPro
• Функции. Онтологии базы данных GO
• Ферменты и метаболические пути
• Функции, продолжение. Мембранные белки, транспортные белки.

Исследование белкового семейства:

• Проект "Поиск белка с заданной функциональной специфичностью."