Второй семестр

Результаты упражнений

Блок 1: Общие принципы сравнения последовательностей.

• Белок ASPG2_ECOLI в банках Swiss-Prot и TrEMBL
• Работа с системой SRS
• Выравнивание вручную
• Матрицы замен

Блок 2: Выравнивание последовательностей.

• Матрицы переходов глобального и локального выравнивания
• Программы построения выравниваний
• Работа с программой BLAST

Блок 3: Семейства белков.

• Сравнение фрагмента полного множественного выравнивания, полученного с помощью программы ClustalW, с соответствующим фрагментом "эталонного" выравнивания из SMART
• Поиск по паттерну в банке Swiss-Prot
• Мотивы в белке ASPG2_ECOLI, описанные в БД Prosite
• Отчет по работе с базой данных Pfam
• Отчет по работе с базой данных InterPro
• PSI-BLAST
• Реконструкция филогенетических деревьев разными способами