Визуализация молекул

В Jmol-апплете представлена пространственная структура белка YP_007078865.1 из бактерии Nostoc. sp. PDB-код данного белка: 3ZCZ (ссылка на файл). Информацию о белке и о бактерии можно посмотреть на соответствующих страницах первого семестра.

После загрузки структуры белка можно запустить скрипт (кнопка Script), который будет последовательно показывать различные изображения данной структуры. Для продолжения выполнения скрипта нажмите кнопку Resume.
Текст скрипта можно посмотреть по ссылке.

Jmol output:

Водородные связи во вторичной структуре белка

С помощью программы Jmol были измерены параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре белка. Результаты измерений представлены в таблице 1.

Таблица 1. Водородные связи во вторичной структуре белка YP_007078865.1 из бактерии Nostoc. sp
Вторичная структура	Атом N	Атом O	Длина связи	Угол между водородной связью и атомом C, связанным с этим O
α-спираль	[Val]327:B	[Gly]323:B	0,296 нм	147,8°
α-спираль	[Val]325:B	[Asp]321:B	0,361 нм	140,2°
β-слой	[Ala]75:C	[Glu]277:C	0,319 нм	150,7°
β-слой	[Leu]279:C	[Glu]277:C	0,333 нм	92,3°