Я определяла вторичную структуру белка 3ZQ4 при помощи программы DSSP. Выдача программы DSSP.
Cравним границы четырёх элементов вторичной структуры, полученные программой DSSP, с границами, приведенными в заголовке PDB файла. Белок 3ZQ4 очень большой, поэтому я приведу аннотацию вторичной структуры из PDB файла только для цепи А.
Рис. 1. Аннотация вторичной структуры из PDB файла белка 3ZQ4.
Cравненим границы четырёх элементов вторичной структуры (двух тяжей и двух спиралей), полученные программой DSSP, с границами, приведенными в заголовке PDB файла (таблица 1).
Таблица 1. Сравнение границ четырёх элементов вторичной структуры (двух бета-тяжей и двух альфа-спиралей) в заголовке файла pdb и выдаче программы DSSP. Вся нумерация из PDB-файла.
| Тип вторичной структуры | PDB | DSSP |
|---|---|---|
| α-спираль | 177 - 187 | 178 - 186 |
| α-спираль | 370 - 381 | 371 - 380 |
| β-лист | 466 - 473 | 466 - 473 |
| β-лист | 157 - 161 | 157 - 161 |
Как видно из таблицы, границы α-спиралей и β-листов хорошо совпадают, однако границы β-листов совпадают полностью, а α-спиралей немного разничаются.