В PDB была найдена состоящая из двух цепей структура 6BA6, полученная методом ЯМР (20 моделей). Было построено изображение молекулярной поверхности для полной структуры белка на фоне cartoon модели белка (рис. 1).
Рис. 1. Молекулярная поверхность белка 6BA6.
Для каждой модели было вычислено значение площади молекулярной поверхности и поверхности, доступной для растворителя (таблица 1). График зависимости площади поверхности, доступной для растворителя, от площади молекулярной поверхности представлена на рис. 2. На графике виден большой разброс данных, но наблюдается очень слабая положительная зависимость поверхности, доступной для растворителя, от площади молекулярной поверхности. Это нормально, потому что при возрастании площади молекулярной поверхности, вероятно, должна увеличиваться и площадь, доступная для растворителя.
Таблица 1. Значения площади поверхности, доступной для растворителя, и площади молекулярной поверхности для каждой модели белка 6BA6.
Рис. 2. График зависимости площади поверхности, доступной для растворителя, от площади молекулярной поверхности. Пунктирной линией обозначена линейная регрессия.
Затем были выделены остатки, отвечающие за межцепочечные контакты. На основе выделенных остатков были построены фрагменты поверхностей межцепочечных контактов (рис. 2).
Рис. 2. Поверхность контакта двух субъединиц в белку 6BA6. Контактирующие остатки из разных субъединиц выделены цветами соответствующих цепей.