Используя CluD, были проанализированы гидрофобные ядра белка (PDB код: 3ZQ4). При параметрах порог расстояния (Distance threshold): 5 Å и порог размера кластера (Show clusters not smaller): 20 было получено 7 гидрофобных кластеров (таблица 1 и рис. 1).
Рис. 1. Гидрофобные кластеры белка 3ZQ4.
Рис. 2. Гидрофобные кластеры белка 3ZQ4, полученные мною во втором семестре.
Таблица 1. Гидрофобные ядра.
| Ядро | Количество атомов |
|---|---|
| core10 | 1839 |
| core2 | 1714 |
| core75 | 131 |
| core41 | 128 |
| core61 | 127 |
| core60 | 95 |
| core19 | 92 |
В целом гидрофобные кластеры соответсвуют субдоменам белка, которые можно выделить визуально. Вспомним, что во втором семестре мы уже анализировали гидрофобность 3ZQ4 . Гидрофобные кластеры, выделенные мою тогда, совпадют с кластерами, выделенными сейчас (Рис. 2). Видно, что один из трех доменов на краях белка сливается с большим срединным доменом (во обоих случаях), и кажется, что этот маленький домен должен иметь свое собственное гидрофобное ядро.
Гидрофобные кластеры в структуре комплекса белка с ДНКБыли найдены гидрофобные кластеры в структуре комплекса белка с ДНК (PDB код: 1P47). При параметрах порог расстояния (Distance threshold): 5.4 Å и порог размера кластера (Show clusters not smaller): 20 было получено 6 гидрофобных кластеров, один из которых принадлежит ДНК (рис. 3).
Рис. 3. Гидрофобные кластеры комплекса белка с ДНК 1P47.