Формы нуклеиновых кислот| Учебный сайт Саши Погорельской

С помощью поисковой системы SRS (Sequence Retrieval System) я нашла список дрожжей Saccharomyces cerevisiae. Поиск производился в базе данных RefSeq_DNA. Интерпретация полного запроса выглядит так:

Query "((([refseq_dna-Organism:Saccharomyces*] & [refseq_dna-Organism:cerevisiae*]) | [refseq_dna-Organism:Saccharomyces cerevisiae*]) & [refseq_dna-Molecule:DNA*]) "

Было найдено 16 хромосом, результаты представлены ниже:

RefSeq_DNA (release)	Accession	Description                                                       SeqLength
  REFSEQ_DNA:NC_001133	  NC_001133	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome I, complete sequence.     230218	
  REFSEQ_DNA:NC_001134	  NC_001134	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome II, complete sequence.    813184	
  REFSEQ_DNA:NC_001135	  NC_001135	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome III, complete sequence.   316620	
  REFSEQ_DNA:NC_001136	  NC_001136	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence.    1531933	
  REFSEQ_DNA:NC_001137	  NC_001137	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome V, complete sequence.     576874	
  REFSEQ_DNA:NC_001138	  NC_001138	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VI, complete sequence.    270161	
  REFSEQ_DNA:NC_001139	  NC_001139	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VII, complete sequence.   1090940	
  REFSEQ_DNA:NC_001140	  NC_001140	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VIII, complete sequence.  562643	
  REFSEQ_DNA:NC_001141	  NC_001141	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IX, complete sequence.    439888	
  REFSEQ_DNA:NC_001142	  NC_001142	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome X, complete sequence.     745751	
  REFSEQ_DNA:NC_001143	  NC_001143	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XI, complete sequence.    666816	
  REFSEQ_DNA:NC_001144	  NC_001144	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XII, complete sequence.   1078177	
  REFSEQ_DNA:NC_001145	  NC_001145	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence.  924431	
  REFSEQ_DNA:NC_001146	  NC_001146	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIV, complete sequence.   784333	
  REFSEQ_DNA:NC_001147	  NC_001147	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XV, complete sequence.    1091291
  REFSEQ_DNA:NC_001148	  NC_001148	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XVI, complete sequence.   948066

Характеристики 14 хромосомы: длина 784333 нуклеотидов, она включает 398 генов белков и 14 генов тРНК.

Вот примеры некоторых генов этой хромосомы. Для каждого указаны координаты в зромосоме (CDS) и имя гена (gene). Ген, который находится на прямой цепи и не имеет интронов:


		  CDS             8330..9475
		                  /gene="COS1"

Ген, который находится на обратной цепи и не имеет интронов:


		  CDS             complement(12208..12876)
		                  /gene="SNO2"

Ген, который находится на прямой цепи и имеет два интрона:


		  CDS             join(48287..48293,48402..49216)
		                  /gene="RFA2"

Ген, который находится на обратной цепи и имеет два интрона:


		  CDS             complement(join(61958..62372,62924..62943))
		                  /gene="RPS19B"

Для своего белка, идентификатор RefSeq YP_461098.1, я нашла соответствующую запись Uniprot: Q2LS68_SYNAS (с помощью Uniprot ID mapping). В текстовом файле, отвечающем данному идентификатору я нашла информацию о записи embl, содержащую ген этого белка. Полный текст этой записи можно посмотреть тут . С помощью программы seqret пакета EMBOSS на kodomo, я вырезала фрагмент записи, содержащий только ген данного мне белка в формате fasta. Координаты этого участка: 1077341-1077988. Его можно скачать здесь.