Online BLAST

По данной мне нуклеотидной последовательности, я нашла архею, геном которой содержит данный фрагмент, с помощью программы megablast Полное название организма - Haloquadratum walsbyi DSM 16790 (идентификатор RefSeq NC_008212.1).

Данный мне участок - часть гена, кодирующего белок, отвечающий за репликацию ДНК, фрагмент с 1145 по 1444 нуклеотиды генома.

Для следующего задания я использовала белок человека с идентификатором POGK_HUMAN. Последовательность этого белка можно посмотреть в этом файле. С помощью сайта ENA я нашла гомолог этого белка у слона. E-value лучшей находки - 0, при этом длина выравнивания 608, а identity составил 95%. Координаты этого гена: от 18038408 до 18052884. Выравнивание белковых последовательностей сожно посмотреть здесь. В гене этого белка три интрона.

Для одной из последовательностей т-РНК бактерии Syntrophus aciditrophicus SB я поискала гомологи среди представителей порядка Syntrophobacterales с помощью различных алгоритмов программы BLAST. Результаты представлены в таблице 1.

Таблица 1. Результаты поиска гомологов последовательности т-РНК

megablast использует максимально точный алгоритм, тем самым повышая вероятность гомологии находок. Однако, это может быть излишним, находки второго алгоритма (blastn) также являются гомологами с достаточно большой вероятностью, их максимльный E-value 7e-15. При еще большем смягчении параметров появляются лишние находки, которые можно отбросить по значению E-value. В основном, это последовательности других т-РНК.