Cеместр 2: Cравнение биологических текстов на примере аминокислотных последовательностей

Студенты учатся работать с банками аминокислотных последовательностей, а также производными базами данных о белковых семействах и мотивах в аминокислотных последовательностях,
Студенты учатся сравнивать аминокислотные последовательности и оценивать степень их сходства.
Начинается обсуждение эволюции белков и происходит первое знакомство с филогенетическими деревьями.

Блок 1: Общие принципы сравнения последовательностей


	1	Банк Swiss-Prot
		7,8,10 февраля, АБР+САС
		[задания] [указания] [презентация]
	2	Искусство поиска или SRS
		14,15,17 февраля, АБР+САС
		[задания]
	3	Эволюция белков. Что такое выравнивание? Работа с программой GeneDoc
		21,22,26 февраля, АБР+САС
		[задания] [указания] [презентация]
	4	Матрицы замен аминокислотных остатков
		28 февраля, 1,3 марта; АБР+САС
		[задания]
		[правила зачета за блок 1]

Блок 2: Выравнивание последовательностей
	5	Первое знакомство с командной строкой UNIX
		7 и 10 марта; АБР+САС
		[задания] [материалы]
	6	Алгоритм Нидельмана – Вунша
		14, 15 и 17 марта; АБР+САС
		[задания] [указания]
	7	Программы построения глобального и локального выравнивания
		21, 22 и 24 марта; АБР+САС
		[задания] [указания]
	8	Программа поиска сходных последовательностей BLASTP
		28, 29 и 31 марта; АБР+САС
		[задания]
	9	[контрольная работа]
		4, 5 и 7 апреля
		[правила зачета за блок 2]
Блок 3: Семейства белков
	10	Сравнение множественных выравниваний
		11, 12 и 14 апреля; АБР+САС
		[задания] [подсказки] [формат отчета]
	11	Паттерны и банк PROSITE
		18, 19 и 21 апреля; АБР+САС
		[задания] [подсказки] [формат отчета]
	12	Белковые семейства. БД Pfam и InterPro.
		25, 26 и 28 апреля; АБР+САС
		[задания] [подсказки] [формат отчета] [презентация]

	13	PSI-BLAST
		2, 3 и 5 мая; АБР+САС
		[задания]
	14	Введение в филогенетические деревья
		10 и 12 мая; АБР+САС
		[задания] [презентация]