Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2005
 
   
Семестры   Студенты   Преподаватели
 
 
 
Главная страница
 
2004
2003
2002
 
 
     
 

Cеместр 2: Cравнение биологических текстов на примере аминокислотных последовательностей

 
 

Студенты учатся работать с банками аминокислотных последовательностей, а также производными базами данных о белковых семействах и мотивах в аминокислотных последовательностях,
Студенты учатся сравнивать аминокислотные последовательности и оценивать степень их сходства.
Начинается обсуждение эволюции белков и происходит первое знакомство с филогенетическими деревьями.

 
 
 
Блок 1: Общие принципы сравнения последовательностей
     
 
1
Банк Swiss-Prot
  7,8,10 февраля, АБР+САС
  [задания] [указания] [презентация]
 
 
2
Искусство поиска или SRS
  14,15,17 февраля, АБР+САС
  [задания]
 
 
3
Эволюция белков. Что такое выравнивание? Работа с программой GeneDoc
  21,22,26 февраля, АБР+САС
  [задания] [указания] [презентация]
 
 
4
Матрицы замен аминокислотных остатков
  28 февраля, 1,3 марта; АБР+САС
  [задания]
 
  [правила зачета за блок 1]
 
 
 
Блок 2: Выравнивание последовательностей
 
 
5
Первое знакомство с командной строкой UNIX
  7 и 10 марта; АБР+САС
  [задания] [материалы]
 
 
6
Алгоритм Нидельмана – Вунша
  14, 15 и 17 марта; АБР+САС
  [задания] [указания]
 
  7 Программы построения глобального и локального выравнивания
  21, 22 и 24 марта; АБР+САС
  [задания] [указания]
 
  8 Программа поиска сходных последовательностей BLASTP
  28, 29 и 31 марта; АБР+САС
  [задания]
 
  9  [контрольная работа]
  4, 5 и 7 апреля
 
  [правила зачета за блок 2]
 
Блок 3: Семейства белков
 
  10  Сравнение множественных выравниваний
  11, 12 и 14 апреля; АБР+САС
  [задания] [подсказки] [формат отчета]
 
  11  Паттерны и банк PROSITE
  18, 19 и 21 апреля; АБР+САС
  [задания] [подсказки] [формат отчета]
 
  12  Белковые семейства. БД Pfam и InterPro.
  25, 26 и 28 апреля; АБР+САС
  [задания] [подсказки] [формат отчета] [презентация]
     
  13  PSI-BLAST
  2, 3 и 5 мая; АБР+САС
  [задания]
 
  14  Введение в филогенетические деревья
  10 и 12 мая; АБР+САС
  [задания] [презентация]