Вернуться на главную

Второй Семестр



Во втором семестра я познакомилась с банками данных: SwissProt, UniProt, Prosite, TrEMBL, Pfam, PDB, InterPro.
Познакомилась с азами работы в программе GeneDoc, в программах пакета EMBOSS (matcher, needle, water), Putty.
И с работой в поисковых системах: SRS, BlastP, PSI-Blast.

    Блок1
  1. Белок ДНК-полимераза III в банках Swiss-Prot и TrEMBL.
  2. Работа с системой SRS.
  3. Выравнивание вручную.
  4. Матрицы замен.


    Блок2
  1. Матрицы переходов глобального и локального выравниваний.
  2. Программы выравнивания.
  3. Работа с программой BLAST.


    Блок3
  1. Сравнение фрагмента полного множественного выравнивания, полученного с помощью программы ClustalW, с соответствующим фрагментом "эталонного" выравнивания из Pfam
  2. Поиск по паттерну в банке Swiss-Prot
  3. Описание всех мотивов в белке DPO3X_ECOLI (по данным БД PROSITE)
  4. Работа с базой данных Pfam.
  5. Работа с базой данных InterPro.
  6. PSI-BLAST.
  7. Деревья
©Лавыш Дарья