FindTerm

В данном задании мною был разобран сервис FindTerm, разработанной Softberry. Данная программа предназначена для поиска rho-независимых бактериальных терминаторов в последовательностях ДНК, с использованием опций, которые могут меняться пользователем.

Вначале программа проводит поиск региона, которые соответсвует требованиям к T-богатому участку, затем перебирает все возможные комбинации, которые могут образовывать rho-независимый терминатор, затем из результатов отбирает те, которые соответсвуют заданным пользователем опциям

Программа может использоваться как на стационарном компьютере, так и в форме онлайн-сервиса. Мною использовалась онлайн-версия данной программы.

Был использован пример, использованный на сайте, доступный по ссылке

Результат работы программы на примере доступен по этой ссылке

Разберем подробно формат, в котором происходит выдача результата работы программы.

Сервис предоставляет возможность визуализировать полученный результат в формате postsript или просмотреть его в Java viewer.

В первой колонке указывается номер нуклеотида, во второй - его однобуквенное обозначение. В третьей колонке указывается номер поправленный номер нуклеотида, на котором заканчивается кодон, начинающийся с данного нуклеотилда. В четвертой колонке указывается наличие/отсутствие связи с каким-либо из нуклеотидов (т.е образование шпильки) Кроме этого программа предоставляет информацию о энергии, которую необходимо затратить на расплавление данной шпильки.