Профиль для последовательности Шайн-Дальгарно

В данном занятии я осваивал навык поиска сайтов связывания транскрипционных факторов у прокариот при помощи методов сравнительной геномики с использованием программы MEME.

С помощью скрипта, написанного на python ссылка для скачивания были получены последовательности промоторов 1500 генов из бактерии Zobellia galactinovorans. С помощью ememe, установленного на kodomo с использованием опции zero or one occurense per sequence был получен мотив, предположительно являющийся последовательсностью Шайна-Дальгарно в клетке. Ссылка на отчет meme . Лого полученного мотива приведен на рис 1.

Рис. 1. Дерево 16S-рибосомных РНК построенное с помощью программы MEGA.

С помощью mast было найдены все гены в геноме бактерии, имеющие данный мотив. Ссылка на отчет mast