Занятие 4: Поисковая система PubMed
Постановка задачи
Задача состоит в том, чтобы описать, используя поисковую систему PubMed, что известно о посттрансляционной модификации Dimethylarginine by PRMT5 and PRMT7 в третьем остатке гистона H4 в клетках человека.
Работа с поисковой системой PubMed
Поиск необходимой информации осуществляем при помощи поисковой системы
PubMed.
Для выполнения поставленной задачи можно составить различные поисковые запросы.
Примеры поисковых запросов (с указанием числа найденных публикаций,
числа открытых публикаций и
числа найденных обзоров):
| Запрос | Query Translation | Translations | All | Free Full Text | Reviews |
| (Dimethylarginine)AND(PRMT5)AND(PRMT7) | ("dimethylarginine"[Supplementary Concept] OR "dimethylarginine"[All Fields]) AND PRMT5[All Fields] AND PRMT7[All Fields] | Dimethylarginine "dimethylarginine"[Supplementary Concept] OR "dimethylarginine"[All Fields] | 4 | 4 | 0 |
| (Dimethylarginine)AND(PRMT5)AND(PRMT7)and(h4) | ("dimethylarginine"[Supplementary Concept] OR "dimethylarginine"[All Fields]) AND PRMT5[All Fields] AND PRMT7[All Fields] AND h4[All Fields] | Dimethylarginine "dimethylarginine"[Supplementary Concept] OR "dimethylarginine"[All Fields] | 2 | 2 | 0 |
| (Dimethylarginine)AND(PRMT5)AND(PRMT7)and(human) | ("dimethylarginine"[Supplementary Concept] OR "dimethylarginine"[All Fields]) AND PRMT5[All Fields] AND PRMT7[All Fields] AND ("humans"[MeSH Terms] OR "humans"[All Fields] OR "human"[All Fields]) | Dimethylarginine "dimethylarginine"[Supplementary Concept] OR "dimethylarginine"[All Fields] human "humans"[MeSH Terms] OR "humans"[All Fields] OR "human"[All Fields] |
4 | 4 | 0 |
| (Dimethylarginine)AND((PRMT5)OR(PRMT7))and(human) | ("dimethylarginine"[Supplementary Concept] OR "dimethylarginine"[All Fields]) AND (PRMT5[All Fields] OR PRMT7[All Fields]) AND ("humans"[MeSH Terms] OR "humans"[All Fields] OR "human"[All Fields]) | Dimethylarginine "dimethylarginine"[Supplementary Concept] OR "dimethylarginine"[All Fields] human "humans"[MeSH Terms] OR "humans"[All Fields] OR "human"[All Fields] |
17 | 12 | 3 |
| (Dimethylarginine[Title]) AND histone | Dimethylarginine[Title] AND ("histones"[MeSH Terms] OR "histones"[All Fields] OR "histone"[All Fields]) | histone "histones"[MeSH Terms] OR "histones"[All Fields] OR "histone"[All Fields] | 6 | 4 | 0 |
| (PRMT5[Title]) AND histone[Title] | PRMT5[Title] AND histone[Title] | - | 9 | 4 | 0 |
| (PRMT7[Title]) AND histone[Title] | PRMT7[Title] AND histone[Title] | - | 0 | - | - |
| (Dimethylarginine[Title]) AND histone[Title] | Dimethylarginine[Title] AND histone[Title] | - | 0 | - | - |
| ((h4r3) AND dimethylation) AND human | (h4r3[All Fields] AND dimethylation[All Fields]) AND ("humans"[MeSH Terms] OR "humans"[All Fields] OR "human"[All Fields]) | human "humans"[MeSH Terms] OR "humans"[All Fields] OR "human"[All Fields] | 3 | 2 | 0 |
По мере поиска и добавления интересующих статей в коллекцию, сформировалась следующая коллекция публикаций: Коллекция №1 (10 публикаций).
После отбора публикаций, наиболее отвечающих заданной теме, мы можем наблюдать следующую коллекцию из 5 публикаций: Коллекция №2 (5 публикаций).
Работа с публикациями
| № | Описание | Цитаты | Полный текст |
| 1 | Human Protein Arginine Methyltransferase 7 (PRMT7) is a Type III Enzyme Forming ω-NG-Monomethylated Arginine Residues, 2012 г. В статье идёт речь о выяснении ферментативной активности белковой аргинин-метилтрансферазы 7 (PRMT7). Исследования показали, что PRMT7 является метилтрасферазой третьего типа, способной к образованию только ω-NG-монометиларгинина (ω-N(G)-monomethylarginine), но не симметричного или асимметричного диметиларгинина (ADMA, SDMA). В частности, анализировался продукт метилирования рекомбинантных человеческих гитонов, в том числе H4. Исходя из приведённых в статье данных (см. в том числе стр.15 полного текста статьи), мы можем судить о том, что действительно происходит метилирование аргинина в гистоне H4 белковыми аргинин-метилтрансферазами 5 и 7 (PRMT5, PRMT7). |
We analyzed ... recombinant human histones H2A, H2B, H3, and H4. We found that PRMT7 only produces ω-N(G)-monomethylarginine with these substrates. These experiments show that PRMT7 is indeed a type III human methyltransferase capable of forming only ω-N(G)-monomethylarginine, not ADMA or SDMA, under the conditions tested. Table 2 in the full text. |
|
| 5 | Role of protein methylation in regulation of transcription, 2005 г. В статье описываются исследования метилирования лизина и аргинина в гистонах, в том числе рассматривается диметиларгинин гистона H4. Белковое метилирование аргинина играет роль на многих уровнях регуляции генов и сигнальной трансдукции (передаче сигнала). Однако функциональные последствия белкового метилирования (механизм воздействия на физиологические процессы) не изучены. |
...protein arginine methylation is now clearly involved at many levels of gene regulation and signal transduction... ...the mechanisms by which protein methylation contributes to these physiological processes are still mostly unknown... |
|
| 3 | Crosstalk between histone modifications maintains the developmental pattern of gene expression on a tissue-specific locus, 2010г. Благодаря обширным исследованиям генома мы имеем множество информации, связанной с модификациями гистонов. Свои силы авторы сосредоточили на исследовании генов бета-глобинового кластера. Метилтрансферазы гистонов, задействованные в усилении бета-глобина, контролируют экспрессию гена за счёт обширного распространения по хроматину. В том числе, в статье рассмотрен диметилированный по аргинину 3 гистон H4 - H4R3me2. Симметричные H4R3me2, катализируемые PRМТ5, могут способствовать подавлению эмбрионального (Ey) глобина. Ассиметричный H4R3me2 облегчает GCN5/PCAF катализ H3K9Ac. |
Genome wide studies have provided a wealth of information related to histone modifications. ...histone methyltransferases, recruited at the beta-globin enhancer, control gene expression by long range propagation on chromatin... G9a also catalyses H3K27me2, which together maintain embryonic (Ey) globin in a repressed state. This repression may be facilitated by chromatin remodeling and histone deacetylase activity via NuRD complex recruitment as well as symmetrical H4R3me2 catalysed by PRMT5... ...asymmetric H4R3me2 which facilitates GCN5/PCAF catalysis of H3K9Ac. Page 3 (275) of full text. |
Вместо заключения
Посттрансляционная модификация Dimethylarginine by PRMT5 and PRMT7 в третьем остатке гистона H4, т.е. диметилирование аргинина 3 в гистоне H4, осуществляется белковыми аргинин-метилтрансферазами 5 и 7 (PRMT5, PRMT7). (Однако в статье, опубликованной 12 января 2012 года, показано, что PRMT7 способствует только монометилированию аргинина.) Данная модификация необходима для DNMT3A-опосредованного (ДНК-метилтрансфераза 3a) метилирования ДНК (DNMT3A-mediated DNA methylation) (см. статью Crosstalk between histone modifications...).
Обратную модификацию у человека осуществляет аргинин-деметилаза JMJD6 (arginine demethylase (RDM) JMJD6) (источник).