|
|
Из общего списка бактерий, филогенетическое дерево для которых представлено на рисунке 1, я выбрала 8 видов бактерий. В таблице 1
представлены названия видов и сокращения (мненоники), использующиеся в дальнейшем.
Рисунок 1. Филогенетическое дерево для всех предложенных видов бактерий.
|
Таблица 1. Выбранные бактерии и их мнемоники.
|
| Название вида |
Мнемоника |
| Rhodobacter sphaeroides |
RHOS4 |
| Ralstonia pickettii |
RALPJ |
| Neisseria meningitidis |
NEIMA |
| Erwinia tasmaniensis |
ERWT9 |
| Yersinia pseudotuberculosis |
YERPS |
| Haemophilus influenzae |
HAEIN |
| Pasteurella multocida |
PASMU |
| Proteus mirabilis |
PROMH |
На основе общего дерева было составлено филогенетическое дерево для данных бактерий. Оно представлено на рисунке 2.
Рисунок 2. Филогенетическое дерево для выбранных видов бактерий, перечисленных в таблице 1.
Скобочная формула для данного дерева:
(RHOS4, ((RALPJ, NEIMA), (((ERWT9, YERPS), PROMH), (HAEIN, PASMU))));
Список нетривиальных ветвей:
- {HAEIN, PASMU} - {RHOS4, RALPJ, NEIMA, ERWT9, YERPS, PROMH}
- {RALPJ, NEIMA} - {RHOS4, ERWT9, YERPS, PROMH, HAEIN, PASMU}
- {ERWT9, YERPS} - {RHOS4, RALPJ, NEIMA, PROMH, HAEIN, PASMU}
- {ERWT9, YERPS, PROMH} - {RHOS4, RALPJ, NEIMA, HAEIN, PASMU}
- {RALPJ, NEIMA, RHOS4} - {ERWT9, YERPS, PROMH, HAEIN, PASMU}
Таксономия
Далее я проверила, не соответствуют ли какие-нибудь из нетривиальных ветвей реальному делению данных бактерий на таксоны. Для проверки
таксономии бактерий использовался сервер NCBI. Таксоны, к которым
принадлежат выбранные виды бактерий, представлены в таблице 2.
|
Таблица 2. Таксономия выбранных видов бактерий по данным NCBI.
|
| Вид |
Мнемоника |
Тип |
Класс |
Отряд |
Семейство |
| Rhodobacter sphaeroides |
RHOS4 |
Proteobacteria |
Alphaproteobacteria |
Rhodobacterales |
Rhodobacteraceae |
| Ralstonia pickettii |
RALPJ |
Proteobacteria |
Betaproteobacteria |
Burkholderiales |
Burkholderiaceae |
| Neisseria meningitidis |
NEIMA |
Proteobacteria |
Betaproteobacteria |
Neisseriales |
Neisseriaceae |
| Erwinia tasmaniensis |
ERWT9 |
Proteobacteria |
Gammaproteobacteria |
Enterobacteriales |
Enterobacteriaceae |
| Yersinia pseudotuberculosis |
YERPS |
Proteobacteria |
Gammaproteobacteria |
Enterobacteriales |
Enterobacteriaceae |
| Proteus mirabilis |
PROMH |
Proteobacteria |
Gammaproteobacteria |
Enterobacteriales |
Enterobacteriaceae |
| Haemophilus influenzae |
HAEIN |
Proteobacteria |
Gammaproteobacteria |
Pasteurellales |
Pasteurellaceae |
| Pasteurella multocida |
PASMU |
Proteobacteria |
Gammaproteobacteria |
Pasteurellales |
Pasteurellaceae |
- ветвь №2 отделяет класс Betaproteobacteria от всех остальных
- ветвь №5 отделяет класс Gammaproteobacteria от остальных
- ветвь №1 отделяет отряд Pasteurellales (и семейство Pasteurellaceae)
- ветвь №4 отделяет отряд Enterobacteriales (и семейство Enterobacteriaceae)
Все приведенные бактерии относятся к типу Proteobacteria. Внутри типа выделяется несколько классов, включая Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria
и Gammaproteobacteria. К первому классу относится вид Rhodobacter sphaeroides (RHOS4), ко второму - Ralstonia pickettii (RALPJ) и
Neisseria meningitidis (NEIMA), а к последнему - все остальные. Как видно по изображению филогенетического дерева, такое распределение бактерий
по классам соответствует расположению ветвей.
Дальнейшее деление класса Gammaproteobacteria на отряды также отражается на дереве. Среди приведенных видов встречаются представители двух отрядов:
Pasteurellales (к нему относятся Haemophilus influenzae (HAEIN) и Pasteurella multocida (PASMU)) и Enterobacteriales (остальные 3 вида).
С чем связано дальнейшее деление внутри семейства Enterobacteriaceae, сказать сложно (исходя из доступных мне данных).
|