Укоренение и бутстрэп

Укоренение в среднюю точку

Дерево, построенное по выравниванию белков пептидил-тРНК гидролаз алгоритмом Neighbour-Joining % Ident (рисунок 1), было переукоренено в среднюю точку с помощью пакета PHYLIP. Полученное дерево представлено на рисунке 2.

Рисунок 1. Исходное дерево, построенное алгоритмом Neighbour-Joining % Ident, реализованным в JalView. Изображение получено с помощью программы MEGA (дерево в Newick-формате).

Рисунок 2. Укорененное дерево, построенное методом укоренения в среднюю точку. Изображение получено с помощью программы MEGA (дерево в Newick-формате).

Как видно, существенных изменений не произошло, дерево отсалось укорененным в ту же ветвь. Изменилось только положение корня на ветви, отделяющей RHOS4. Если раньше корень располагался посередине, то теперь RHOS4 находится гораздо дальше от других последовательностей. В принципе, такое расположение более правильное, потому что, во-первых, этот вид относится к другому классу бактерий, и во-вторых, другие алгоритмы построения деревьев также выдают именно такой результат. В качестве примера на рисунке 3 представлено дерево, полученное алгоритмом Maximum Likelihood.

Рисунок 3. Дерево, построенное из исходного алгоритмом Maximum Likelihood, реализованном в MEGA. Изображение получено с помощью программы MEGA (дерево в Newick-формате).