|
|
Отнесение белка D-аланил-D-аланин карбоксипептидазы из Nostoc sp. к терминам GO
С помощью AmiGO белок D-аланил-D-аланин карбоксипептидаза
(D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase) из бактерии Nostoc sp. был найден в базе данных GO. Использовался поиск по последовательности
белка protein.fasta.
Лучшая находка - сериновая протеаза S13 типа из Dictyostelium discoideum, e-value = 3.2e-42. Конечно, это не тот же самый белок,
а Nostoc sp. достаточно далек от Dictyostelium discoideum. Однако оба этих организма образуют маленькие слизистые колонии.
Это сходство, по-моему, достаточно в данном случае, так как D-аланил-D-аланин карбоксипептидаза участвует в синтезе клеточной стенки и выполняет
у этих организмов сходные функции. Сходство белков, исходя из выравнивания, составляет 31% (идентичные позиции) и 50% (функционально консервативные
позиции).
Для найденного белка pscA (Q86I79) из Dictyostelium discoideum
были описаны термины GO. Описание представлено в таблице 1.
|
Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot Q86I79 (PSCA_DICDI)
|
| Аспект |
Идентификатор GO |
Название термина |
Перевод названия термина |
Код типа достоверности |
| biological process |
GO:0006508 |
proteolysis |
протеолиз |
IEA, IDA |
| cellular component |
GO:0005615 |
extracellular space |
внеклеточное пространство |
RCA |
| molecular function |
GO:0004180 |
carboxypeptidase activity |
карбоксипептидазная активность |
IEA |
| molecular function |
GO:0016787 |
hydrolase activity |
гидролазная активность |
IEA |
| molecular function |
GO:0008233 |
peptidase activity |
пептидазная активность |
IEA |
| molecular function |
GO:0004185 |
serine-type carboxypeptidase activity |
карбоксипептидазная активность серинового типа |
IEA, IDA |
| molecular function |
GO:0009002 |
serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity |
D-Ala-D-Ala карбоксипептидазная активность серинового типа |
IEA |
В таблице 2 представлены расшифровки и описания кодов типа достоверности, встречающихся в таблице 1.
|
Таблица 2. Описание кодов достоверности, использованных в таблице 1.
|
| Код типа достоверности |
Расшифровка кода типа достоверности |
Объяснение |
| IEA |
Inferred from Electronic Annotation |
Применяется в том случае, когда данные были получены путем автоматического непроверяемого и некурируемого переноса из
баз данных. Такие данные могут основываться на сходстве последовательности или струкутры с данными для известных белков.
|
| IDA |
Inferred from Direct Assay |
Показывает, что было проведено непосредственное исследование функции, процесса или компонента, определенного в термине GO.
Примерами таких исследований могут быть: изучение локализации белка в клетке путем иммунофлюоресценции или фракционирования
клеточных компонентов, изучение комплексов методом иммунопреципитации, изучение каталитических свойств фермента.
|
| RCA |
Inferred from Reviewed Computational Analysis |
Данные получены из компьютерного анализа результатов широкомасштабных экспериментов или при использовании разных типов
данных при анализе. Такими экспериментальными данными могут быть белок-белковые взаимодействия (дрожжевая двугибридная
система, определение белковых комплексов методом масс-спектроскопии), данные, основанные на секвенировании продукта гена,
предсказания структуры белка по последовательности, предсказания свойств с использованием математических моделей.
|
Описание термина GO:0008233 (peptidase activity, пептидазная активность)
В таблице 3 представлено описание термина GO:0008233 (peptidase activity, пептидазная активность). К этому термину относятся 39035 генов.
Также на рисунке 1 показаны отношения между данным термином и его родителями.
|
Таблица 3. Основные свойства термина GO:0008233 (peptidase activity, пептидазная активность)
|
| Свойство |
Значение |
| Идентификатор (Accession) |
GO:0008233 |
| Название (Name) |
peptidase activity (пептидазная активность) |
| Аспект онтологии (Ontology) |
Molecular Function (функция молекулы) |
| Синонимы (Synonyms) |
точные синонимы: hydrolase, acting on peptide bonds (гидролаза, действующая на пептидные связи);
peptide hydrolase activity (пептидная гидролазная активность)
узкие синонимы: protease activity (протеазная активность); proteinase activity (протеиназная активность)
|
| Определение (Definition) |
Катализ гидролиза пептидной связи. Пептидная связь - это ковалентная связь, образующаяся, когда атом углерода из карбоксильной группы
одной аминокислоты разделяет пару электронов с атомом азота из аминогруппы другой аминокислоты.
|
| Комментарий (Comment) |
- |
| Число родителей (из них - логически определенных) |
3 (2) |
| Число потомков (из них - логически определенных) |
4 (0) |
Рисунок 1. Схема отношений термина GO:0008233 со своими родителями. Синими стрелками отмечены взаимодействия типа "part of",
черными - типа "is a". Расширенная схема, включающая также отношения с потомками, доступна по
ссылке.
На рисунке 1 разными цветами отмечены стрелки, характеризующие разные отношения между терминами. Черные стрелочки (почти все) означают, что
данный термин является каким-то другим термином. Например, "catalytic activity is a molecular function" означает, что каталитическая
активность всегда является функцией молекулы, но при этом функция молекулы не всегда заключается в ее каталитической активности. Синяя стрелка
означает, что термин является частью какого-то другого термина. Например, "peptidase activity part of proteolysis" значит, что
пептидазная активность - одно из свойств, необходимых для протеолиза. Справа вверху представлено описание всех возможных стрелочек на рисунке.
Справа внизу - список организмов, для которых определены данные термины.
В расширенной версии, включающей потомков, также есть взаимодействия типа "regulates",
"positively regulates" и "negatively regulates". Например, "peptidase inhibitor activity negatively regulates peptidase
activity" значит, что активность, ингибирующая пептидазы, отрицательно регулирует пептидазную активность, а positive regulation of
peptidase (положительная регуляция пептидазы), наоборот, положительно ее регулирует. Peptidase regulator activity (активность, регулирующая
пептидазы) в принципе регулирует активность пептидаз, а oligopeptidase activity (олигопептидазная активность) - это тоже
пептидазная активность.
|