Мотивы | Учебный сайт Саши Погорельской

Я искала мотив в 5 последовательностях, использованных в практикуме "Множественные выравнивания", проект с ними можно скачать здесь. Для поиска использовалась первая опция сервиса Prosite.

Для них было найденно много различных мотивов (156 во всех белках), из них я выбрала сайт связывания АТФ/ГТФ, информация о нем здесь. Паттерн для этого сайта такой:

[AG]-x(4)-G-K-[ST]

3 опция позволяет проверить представленность мотива в белках. Он есть во всех исходных последовательностях, при чем одинаковый, с 98 до 105 остатки выравнивания:

G-E-S-G-A-G-K-T-E

Поиск с помощью второй опции по базе данных Uniprot/SwissProt дал 223 результата, а по всему Uniprot - 3957. Это неудивительно, связывание с АТФ - довольно распространенная способность белков, так как многие реакции в организме требуют участия АТФ.

Более слабый паттерн, отмеченный в Prosite, даже в поиске по Uniprot/SwissProt дает больше 10 000 находок. При чем в этих 10 000 находках найдено 11 403 мотивов, удовлетворяющих паттерну.

Можно рассмотреть расширенный мотив, с 95 по 109 остатки. Тогда сильный паттерн для этого участка будет выглядеть так:

[IL]-[IV]-S-G-E-S-G-A-G-K-T-E-[AS]-[QST]-K

В Uniprot поиск по такому паттерну дал 44 результата.

[ILAV]-[ILAV]-S-G-E-S-G-A-G-K-T-E-x(2)-K

Таких мотивов в Uniprot 122.