Учебный сайт Саши Погорельской Эмблема
Главная Семестры Скрипты Обо мне Ссылки
1 семестр
2 семестр
3 семестр
4 семестр
7 семестр
Белок
Лиганды
Trp-synthase
Prusiner SB
Uniprot
ATP-synthase
Выравнивание
BLAST
Pfam
Мотивы

Поиск белков АТФ-синтазы с помощью UniProt

Оперон, кодирующий АТФ-синтазу Syntrophus aciditrophicus SB, рассматривался в первом семестре с помощью NCBI. Результаты этой работы представлены на страничке 1 семестра.

С помощью UniProt можно найти все белки, составляющие АТФ-синтазу. Запросы, которые я использовала для этого, представлены в таблице 1.

Таблица 1. Поиск белков-компонентов АТФ-синтазы бактерии Syntrophus aciditrophicus SB

Строка запросаЧисло записейИз SwissProtКомментарии
organism:"Syntrophus aciditrophicus"3146267Поиск по всем записям об организме этого вида
organism:"Syntrophus aciditrophicus" and organism:"SB"3146267В базе данных нет записей о других штаммах бактерии этого вида
organism:"Syntrophus aciditrophicus" and organism:"SB" and name:"atp"8320Запрос включает белки, работа которых сопряжена с АТФ
organism:"Syntrophus aciditrophicus" and organism:"SB" and name:"atp" and name:"synthase"1910Все еще включает лишние белки (но уже только синтазы)
organism:"Syntrophus aciditrophicus" and organism:"SB" and name:"atp" and name:"synthase" and gene:"*atp*"1310Потеряны некоторые белки (не проверенные экспертом) имеющие подходящее название
organism:"Syntrophus aciditrophicus" and organism:"SB" and name:"atp" and name:"synthase" and (gene:"*atp*" or name:"F0F1")1710

Таким образом, было найдено 17 записей, 10 из которых просмотрены экспертом (из раздела SwissProt). Fasta-файл с последовательностями найденных белков можно посмотреть здесь. Белков, существование которых полностью доказано, нет. Существование 3 белков только предполагается, а для остальных есть доказательство, состоящие в наличии ортологов. Более подробная информация о результатах поиска в таблице 2.

Мы договорились считать гены колокализованными, если между ними не больше 10 генов. Для прокариот номер, указанный в таблице 2 после "SYN_" соответствует номеру гена (locus_tags), поэтому определять удобно.

Восемь первых белков колокализованны (от 02096 до 02195 почти подряд), информация об этих белках в таблице 2 покрашена в розовый цвет. Также последние семь белков (от 00543 до 00549 - все номера).

Таблица 2. Найденные компоненты АТФ-синтазы бактерии Syntrophus aciditrophicus SB. Для удобства сравнения с результатами прошлого семестра я привела идентификаторы в базу данных NCBI

Entry Entry name Protein names RefSeq Gene names Organism Organism ID Protein existence Status
Q2LY45 Q2LY45_SYNAS F0F1-type ATP synthase, beta subunit YP_463171.1 SYNAS_31240 SYN_02096 Syntrophus aciditrophicus (strain SB) 56780 Predicted unreviewed
Q2LY46 Q2LY46_SYNAS F0F1-type ATP synthase, beta subunit YP_463170.1 SYNAS_31230 SYN_02097 Syntrophus aciditrophicus (strain SB) 56780 Predicted unreviewed
Q2LY37 Q2LY37_SYNAS ATP synthase epsilon chain (ATP synthase F1 sector epsilon subunit) (F-ATPase epsilon subunit) YP_463169.1 atpC SYNAS_31220 SYN_02098 Syntrophus aciditrophicus (strain SB) 56780 Inferred from homology unreviewed
Q2LY40 Q2LY40_SYNAS ATP synthase subunit a (ATP synthase F0 sector subunit a) (F-ATPase subunit 6) YP_463166.1 atpB SYNAS_31190 SYN_02101 Syntrophus aciditrophicus (strain SB) 56780 Inferred from homology unreviewed
Q2LY41 Q2LY41_SYNAS F0F1-type ATP synthase, subunit c/Archaeal/vacuolar-type proton-ATPase, subunit K YP_463165.1 SYNAS_31180 SYN_02102 Syntrophus aciditrophicus (strain SB) 56780 Inferred from homology unreviewed
Q2LY33 ATPF2_SYNAS ATP synthase subunit b 2 (ATP synthase F(0) sector subunit b 2) (ATPase subunit I 2) (F-type ATPase subunit b 2) (F-ATPase subunit b 2) YP_463164.1 atpF2 SYNAS_31170 SYN_02103 Syntrophus aciditrophicus (strain SB) 56780 Inferred from homology reviewed
Q2LY34 ATPA2_SYNAS ATP synthase subunit alpha 2 (EC 3.6.3.14) (ATP synthase F1 sector subunit alpha 2) (F-ATPase subunit alpha 2) YP_463163.1 atpA2 SYNAS_31160 SYN_02104 Syntrophus aciditrophicus (strain SB) 56780 Inferred from homology reviewed
Q2LY35 Q2LY35_SYNAS F0F1-type ATP synthase, gamma subunit YP_463162.1 SYNAS_31150 SYN_02105 Syntrophus aciditrophicus (strain SB) 56780 Predicted unreviewed
Q2LVX0 ATP6_SYNAS ATP synthase subunit a (ATP synthase F0 sector subunit a) (F-ATPase subunit 6) YP_462400.1 atpB SYNAS_23530 SYN_00588 Syntrophus aciditrophicus (strain SB) 56780 Inferred from homology reviewed
Q2LRB9 ATPL_SYNAS ATP synthase subunit c (ATP synthase F(0) sector subunit c) (F-type ATPase subunit c) (F-ATPase subunit c) (Lipid-binding protein) YP_460794.1 atpE SYNAS_07470 SYN_02965 Syntrophus aciditrophicus (strain SB) 56780 Inferred from homology reviewed
Q2LR04 ATPE_SYNAS ATP synthase epsilon chain (ATP synthase F1 sector epsilon subunit) (F-ATPase epsilon subunit) YP_460680.1 atpC SYNAS_06330 SYN_00543 Syntrophus aciditrophicus (strain SB) 56780 Inferred from homology reviewed
Q2LR05 ATPB_SYNAS ATP synthase subunit beta (EC 3.6.3.14) (ATP synthase F1 sector subunit beta) (F-ATPase subunit beta) YP_460679.1 atpD SYNAS_06320 SYN_00544 Syntrophus aciditrophicus (strain SB) 56780 Inferred from homology reviewed
Q2LQZ6 ATPG_SYNAS ATP synthase gamma chain (ATP synthase F1 sector gamma subunit) (F-ATPase gamma subunit) YP_460678.1 atpG SYNAS_06310 SYN_00545 Syntrophus aciditrophicus (strain SB) 56780 Inferred from homology reviewed
Q2LQZ7 ATPA1_SYNAS ATP synthase subunit alpha 1 (EC 3.6.3.14) (ATP synthase F1 sector subunit alpha 1) (F-ATPase subunit alpha 1) YP_460677.1 atpA1 SYNAS_06300 SYN_00546 Syntrophus aciditrophicus (strain SB) 56780 Inferred from homology reviewed
Q2LQZ8 ATPD_SYNAS ATP synthase subunit delta (ATP synthase F(1) sector subunit delta) (F-type ATPase subunit delta) (F-ATPase subunit delta) YP_460676.1 atpH SYNAS_06290 SYN_00547 Syntrophus aciditrophicus (strain SB) 56780 Inferred from homology reviewed
Q2LQZ9 ATPF1_SYNAS ATP synthase subunit b 1 (ATP synthase F(0) sector subunit b 1) (ATPase subunit I 1) (F-type ATPase subunit b 1) (F-ATPase subunit b 1) YP_460675.1 atpF1 SYNAS_06280 SYN_00548 Syntrophus aciditrophicus (strain SB) 56780 Inferred from homology reviewed
Q2LR00 Q2LR00_SYNAS ATP synthase subunit b (ATP synthase F(0) sector subunit b) (ATPase subunit I) (F-type ATPase subunit b) YP_460674.1 atpF SYNAS_06270 SYN_00549 Syntrophus aciditrophicus (strain SB) 56780 Inferred from homology unreviewed

Поиск компонентов АТФ-синтз по геномам организмов, относящихся к семейству Syntrophaceae, дал 27 результатов. Это записи о белках 3 бактерий. Рассмотренных экспертами записей нет, уверенность в существовании большинства из найденных белков основана на наличии ортологов. Также 1 белок является предполагаемым, то есть нет достоверных доказательств.

Файл с последовательностями этих белков в формате fasta можно посмотреть здесь.

Таблица 3. Поиск белков-компонентов АТФ-синтазы бактерий семейства Syntrophaceae

Строка запросаЧисло записейИз SwissProtКомментарии
(organism:"Syntrophus" not organism:"aciditrophicus") and name:"atp" and name:"synthase" and (gene:*atp* or name:"F0F1")00Информации об АТФ-синтазах других организмов рода Syntrophus нет
(taxonomy:"Syntrophaceae" not organism:"aciditrophicus") and name:"atp" and name:"synthase" and (gene:*atp* or name:"F0F1")270Поиск по семейству дает результаты - 3 организма
organism:"Smithella" and organism:"ME-1" and name:"atp" and name:"synthase" and (gene:*atp* or name:"F0F1")11011 результатов по организму Smithella sp. ME-1

Таблица 4. Характеристика найденных компонентов АТФ-синтаз организмов семейтва Syntrophaceae

Entry Entry name Protein names Gene names Organism Organism ID Protein existence Status
V4FB50 V4FB50_9DELT ATP synthase gamma chain (ATP synthase F1 sector gamma subunit) (F-ATPase gamma subunit) atpG SMITH_117 Smithella sp. ME-1 1380771 Inferred from homology unreviewed
V4EP40 V4EP40_9DELT ATP synthase subunit a (ATP synthase F0 sector subunit a) (F-ATPase subunit 6) atpB SMITH_13 Smithella sp. ME-1 1380771 Inferred from homology unreviewed
V4GSV4 V4GSV4_9DELT ATP synthase subunit alpha (EC 3.6.3.14) (ATP synthase F1 sector subunit alpha) (F-ATPase subunit alpha) atpA SMITH_116 Smithella sp. ME-1 1380771 Inferred from homology unreviewed
V4FH89 V4FH89_9DELT ATP synthase subunit b (ATP synthase F(0) sector subunit b) (ATPase subunit I) (F-type ATPase subunit b) atpF SMITH_11 Smithella sp. ME-1 1380771 Inferred from homology unreviewed
V4FIE3 V4FIE3_9DELT ATP synthase subunit a (ATP synthase F0 sector subunit a) (F-ATPase subunit 6) atpB SMITH_379 Smithella sp. ME-1 1380771 Inferred from homology unreviewed
V4FB70 V4FB70_9DELT ATP synthase subunit alpha (EC 3.6.3.14) (ATP synthase F1 sector subunit alpha) (F-ATPase subunit alpha) atpA SMITH_10 Smithella sp. ME-1 1380771 Inferred from homology unreviewed
V4F854 V4F854_9DELT ATP synthase subunit beta (EC 3.6.3.14) (ATP synthase F1 sector subunit beta) (F-ATPase subunit beta) atpD SMITH_17 Smithella sp. ME-1 1380771 Inferred from homology unreviewed
V4EP11 V4EP11_9DELT ATP synthase subunit delta (ATP synthase F(1) sector subunit delta) (F-type ATPase subunit delta) atpH SMITH_115 Smithella sp. ME-1 1380771 Inferred from homology unreviewed
V4F830 V4F830_9DELT ATP synthase epsilon chain (ATP synthase F1 sector epsilon subunit) (F-ATPase epsilon subunit) atpC SMITH_119 Smithella sp. ME-1 1380771 Inferred from homology unreviewed
V4FH67 V4FH67_9DELT ATP synthase subunit beta (EC 3.6.3.14) (ATP synthase F1 sector subunit beta) (F-ATPase subunit beta) atpD SMITH_118 Smithella sp. ME-1 1380771 Inferred from homology unreviewed
V4F824 V4F824_9DELT ATP synthase subunit b (ATP synthase F(0) sector subunit b) (ATPase subunit I) (F-type ATPase subunit b) atpF SMITH_114 Smithella sp. ME-1 1380771 Inferred from homology unreviewed

У UniProt есть специальный функционал для поиска гомологов белков: осуществляется поиск по сходным последоватеностям и приводится необходимая статистика. Скриншот результатов поиска гомологов субъединицы α2 (ATP synthase subunit α2) бактерии Syntrophus aciditrophicus SB представлен на рисунке 1. То, как выглядел запрос и количество найденных записей можно посмотреть в таблице 5.

1

Рисунок 1. Графическая интерпретация поиска гомолога субъединицы α2 АТФ-синтазы.

Таблица 5. Поиск гомологов субъединицы α2 (ATP synthase subunit α2) бактерии Syntrophus aciditrophicus SB

Строка запросаЧисло записейИз SwissProt
>sp|Q2LY34|ATPA2_SYNAS ATP synthase subunit alpha 2 OS=Syntrophus aciditrophicus (strain SB) GN=atpA2 PE=3 SV=1
MNRDMPSGRELKSFLEQTFSTLDAVLSGQNARLQEKEVGTVSFVGQGIVRASGLPHVRS
EELVVFPGNLLGLVFNVDLDEIGIITLDHTEDISAGSAVRRTGRVLDVPVGEALLGRVLDP
MGRPLDNRGEVAAARRLPLEREAPAVMDRAPVSVPLQTGIKVIDSLIAIGRGQRELILGD
RQTGKTAIILDTIINQHDKNVICIYCAIGKQSADTARVVSVLESFRTLPYCIIVVAAGEDPP
GLQYIAPYAATSMGEYFMKRGKDVLVIYDDLTRHARAYRELSLLLRRPPGREAYPGDI
FYIHARMLERATHLREELGGGSLTAIPIIETEAQDISAYIPTNLISITDGQIYLSSRLFQKGI
LPAIDVGKSVSRVGGKTQLPAYRTVAGDLRLSYSQFEELETFSRFGTRLDEETRRKLER
GRRVREILKQKQYNPLCVADQIAALLSVTSGALDGISLENIGAAEKRIQEAVHVQLSDLC
DRIKKGEPLTVHDRKTLLDAARSAVAAEPERHRNADS		25027

Из этих 250 записей я выбрала 10. Характеристика представлена в таблице 6. Нашлось всего 2 записи с известной кристаллической структурой, их я включила в эти 10. Полные последовательности этих гомологов можно посмотреть в этом файле.

Таблица 5. Характеристика гомологов субъединицы α2 (ATP synthase subunit α2)

Entry Entry name Protein names Gene names Organism Organism ID Protein existence Status
Q7UH05 ATPA1_RHOBA ATP synthase subunit alpha 1 (EC 3.6.3.14) (ATP synthase F1 sector subunit alpha 1) (F-ATPase subunit alpha 1) atpA1 RB4916 Rhodopirellula baltica (strain SH1) 243090 Inferred from homology reviewed
Q3A076 ATPA2_PELCD ATP synthase subunit alpha 2 (EC 3.6.3.14) (ATP synthase F1 sector subunit alpha 2) (F-ATPase subunit alpha 2) atpA2 Pcar_2996 Pelobacter carbinolicus (strain DSM 2380 / Gra Bd 1) 338963 Inferred from homology reviewed
A1VPQ8 ATPA2_POLNA ATP synthase subunit alpha 2 (EC 3.6.3.14) (ATP synthase F1 sector subunit alpha 2) (F-ATPase subunit alpha 2) atpA2 Pnap_2329 Polaromonas naphthalenivorans (strain CJ2) 365044 Inferred from homology reviewed
Q9X1U7 ATPA_THEMA ATP synthase subunit alpha (EC 3.6.3.14) (ATP synthase F1 sector subunit alpha) (F-ATPase subunit alpha) atpA TM_1612 Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) 243274 Evidence at protein level reviewed
W4LLM2 W4LLM2_9DELT F0F1 ATP synthase subunit alpha (EC 3.6.3.14) ETSY1_19520 Candidatus Entotheonella sp. TSY1 1429438 Predicted unreviewed
L8LX89 L8LX89_9CYAN ATP synthase subunit alpha (EC 3.6.3.14) (ATP synthase F1 sector subunit alpha) (F-ATPase subunit alpha) atpA Xen7305DRAFT_
00004720		 Xenococcus sp. PCC 7305 102125 Inferred from homology unreviewed
A6C219 A6C219_9PLAN ATP synthase subunit alpha (EC 3.6.3.14) (ATP synthase F1 sector subunit alpha) (F-ATPase subunit alpha) atpA PM8797T_02749 Planctomyces maris DSM 8797 344747 Inferred from homology unreviewed
S7V9W3 S7V9W3_9BACT ATP synthase subunit alpha (EC 3.6.3.14) (ATP synthase F1 sector subunit alpha) (F-ATPase subunit alpha) atpA ADICYQ_4506 Cyclobacterium qasimii M12-11B 641524 Inferred from homology unreviewed
Q71CG5 Q71CG5_9BACI ATP synthase subunit alpha (EC 3.6.3.14) (ATP synthase F1 sector subunit alpha) (F-ATPase subunit alpha) atpA Bacillus sp. TA2.A1 90973 Evidence at protein level unreviewed
R4KJN2 R4KJN2_9FIRM ATP synthase subunit alpha (EC 3.6.3.14) (ATP synthase F1 sector subunit alpha) (F-ATPase subunit alpha) atpA Desgi_4153 Desulfotomaculum gibsoniae DSM 7213 767817 Inferred from homology unreviewed

Все таблицы, опубликованные на этой странице и понадобившиеся при работе, можно скачать из этого файла в формате Excel. Он включает полный протеом (совокупность всех белков) бактерии Syntrophus aciditrophicus SB. На молекулярном уровне эта бактерия изучена мало - нет достоверных доказательств существования белков, мало записей просмотренных экспертами, некоторая статистика приведена в таблице 7.

Таблица 7. Информация по протеому бактерии Syntrophus aciditrophicus SB о достоверности сведений

Запрос Всего SwissProt TrEMBL
organism:"Syntrophus aciditrophicus" AND organism:"SB" 3146 267 2879
organism:"Syntrophus aciditrophicus" AND organism:SB AND existence:"evidence at protein level" 5 0 5
organism:"Syntrophus aciditrophicus" AND organism:SB AND existence:"evidence at transcript level" 0 0 0
organism:"Syntrophus aciditrophicus" AND organism:SB AND existence:"inferred from homology" 737 267 470
organism:"Syntrophus aciditrophicus" AND organism:SB AND existence:"predicted" 2404 0 2404
organism:"Syntrophus aciditrophicus" AND organism:SB AND existence:"uncertain" 0 0 0





© Pogorelskaya Sasha Last modification date: 19.02.15