|
||||||
Главная | Семестры | Скрипты | Обо мне | Ссылки |
|
|
Дигидроксилэтиловый эфир в структуре белка-регулятора транскрипции Syntrophus aciditrophicus SB (идентификатор PDB 3S5R) Всего в структуре белка-регулятора транскрипции 2 вида лигандов: этандиол (C2 H6 O2) и дигидроксилэтиловый эфир (C4 H10 O3). Всего их 5. То как они располагаются в структуре белка показано на рисунке 1. Я рассмотрела дигидроксилэтиловый эфир, так эти лиганды обладают собственным сайтом связывания, а также имеют более сложную структуру. В файле PDB этот эфир (или di(hydroxyethyl)ether) называется PEG. Их в структуре белка 3, каждый имеет свой номер. Эфир, изображенный на рисунке 2 записан в файле PDB как PEG300. Рисунок 1. Белок-регулятор транскрипции с лигандами. Голубым цветом изображены молекулы воды, зеленым - этандиола, черным - дигидроксилэтиловый эфир Белок-регулятор транскрипции имеет 2 функциональные части: контактирующая с ДНК и димеризующая (так как он состоит из 2 цепей). Сайт этого лиганда находится в димеризующей части, поэтому, вероятнее всего, является активным центром связывания с катализатором или ингибитором. Статья о получении кристаллической структуры этого белка не приведена, поэтому мне неизвестно, является ли дигидроксилэтиловый эфир искусственной структурой для стабилизации молекулы. Эфир образует с белком 3 водородные связи: с боковым радикалом аргинина, остовом селенметионина и треонина. Расстояние до азота боковой группы гистидина большое (3,98 ангстрем), поэтому связи скорее всего не образуется. Рисунок 2. Область контакта дигидроксилэтилового эфира в структуре белка-регулятора транскрипции. Серым показаны α-спирали, образованные ближайшими аминокислотными остатками Команды, использованные для получения этого изображения:
После удаления всех лишних аминокислот, точно не участвующих во взаимодействии с лигандом (расстояние больше 6 ангстрем), оставшиеся я показала в модели wireframe. Дополнительная команда wireframe после выделения 7 аминокислот нужна, чтобы были видны не только атомы, находящиеся на заданном расстоянии, но и аминокислоты, к которым они относятся. Чтобы было видно, какие вторичные структуры образует белок вблизи дигидроксилэтилового эфира, я добавила модель cartoons, сделав Cα-атомы видными на 50%. |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
© Pogorelskaya Sasha | Last modification date: 19.02.15 |