Лиганды белка S.aciditrophicus | Учебный сайт Саши Погорельской

Всего в структуре белка-регулятора транскрипции 2 вида лигандов: этандиол (C2 H6 O2) и дигидроксилэтиловый эфир (C4 H10 O3). Всего их 5. То как они располагаются в структуре белка показано на рисунке 1. Я рассмотрела дигидроксилэтиловый эфир, так эти лиганды обладают собственным сайтом связывания, а также имеют более сложную структуру. В файле PDB этот эфир (или di(hydroxyethyl)ether) называется PEG. Их в структуре белка 3, каждый имеет свой номер. Эфир, изображенный на рисунке 2 записан в файле PDB как PEG300.

Рисунок 1. Белок-регулятор транскрипции с лигандами. Голубым цветом изображены молекулы воды, зеленым - этандиола, черным - дигидроксилэтиловый эфир

Белок-регулятор транскрипции имеет 2 функциональные части: контактирующая с ДНК и димеризующая (так как он состоит из 2 цепей). Сайт этого лиганда находится в димеризующей части, поэтому, вероятнее всего, является активным центром связывания с катализатором или ингибитором. Статья о получении кристаллической структуры этого белка не приведена, поэтому мне неизвестно, является ли дигидроксилэтиловый эфир искусственной структурой для стабилизации молекулы.

Эфир образует с белком 3 водородные связи: с боковым радикалом аргинина, остовом селенметионина и треонина. Расстояние до азота боковой группы гистидина большое (3,98 ангстрем), поэтому связи скорее всего не образуется.

Рисунок 2. Область контакта дигидроксилэтилового эфира в структуре белка-регулятора транскрипции. Серым показаны α-спирали, образованные ближайшими аминокислотными остатками

Команды, использованные для получения этого изображения:

load home/students/y13/pogorelskaya/term2/block2/credits/3S5R.pdb rotate y 90 rotate z 123 background [255,229,180] cartoons off color cpk zoom 300 centre [PEG]300:A.O2 restrict within (6.0, 300) wireframe 30 select 300 wireframe 70 select 33 or 32 or 52 or 51 or 47 or 53 or 30 wireframe 30 cartoons select *.CA color translucent 0.5 restrict :A rotate z 90 rotate y 55

После удаления всех лишних аминокислот, точно не участвующих во взаимодействии с лигандом (расстояние больше 6 ангстрем), оставшиеся я показала в модели wireframe. Дополнительная команда wireframe после выделения 7 аминокислот нужна, чтобы были видны не только атомы, находящиеся на заданном расстоянии, но и аминокислоты, к которым они относятся. Чтобы было видно, какие вторичные структуры образует белок вблизи дигидроксилэтилового эфира, я добавила модель cartoons, сделав Cα-атомы видными на 50%.