Краткое описание возможностей JalView

Программа JalView представляет собой редактор выравниваний, обладающий широкимми возможностями для работы с выравниваниями последовательностей.

Ниже в краткой форме представлены основные возможности программы JalView, которые пришлось освоить при выполнении заданий.

• Открыть локальный файл, содержащий последовательность или выравнивание, файл по URL, ввести последовательность вручную; осуществить поиск по банкам данных с помощью идентификатора последовательности.
• Сохранить выравнивание в различных форматах, в т.ч. .msf, .fasta, jar. Сохранение целого проекта. Сохранить изображение выравнивания, распечатать выравнивание.
• Переключаться между режимами управления с помощью курсора мыши и с помощью клавиатуры.
• Удалить все гэпы, пустые колонки выравнивания.
• Осуществлять поиск по последовательностям и их названиям.
• Выделять различные участки выравнивания, инвертировать и отменять выбор, как с помощью мышки, так и с помощью клавиатуры.
• Работа с несколькими представлениями выравнивания (View), создание новых представлений и т.д.
• Изменение шрифта и других подобных параметров визуального представления выравнивания.
• Покраска выравнивания по различным признакам, возможность учёта консервативности, возможность создания собственных цветов палитр.
• Работа с консервативностью последовательностей, в т.ч. установление порога консервативности.
• Сортировка последовательностей в выравнивании по различным признака.
• Вычисления дерева (эволюционного) для последовательностей выравнивания с возможностью указания учитываемых параметров (процент идентичности, матрица BLOSUM62).
• Построение выравнивания с использованием различных алгоритмов (в частности, Tcoffee, Muscle, Mafft, Clustal) и параметров.
• Предсказание вторичной структуры.
• Просмотр, добавление и изменение имени и описания последовательности.
• Ассоциация последовательности со вторичной структурой (.pdb).
• Автоматическое получение ссылок на информацию о последовательности из различных банков данных.
• Вывод выравнивания, одной последовательности, информации о ней на экран в текстовом формате (Output to textbox).
• Создание групп в выравнивании. Задание свойств для группы (имя, описание, цвет, рамка вокруг группы).
• Возможность работы с файлом 3D структуры белка с использованием синтаксиса программы Rasmol.