Cеместр II. Работа с последовательностями белков
Объекты, с которыми надлежит ознакомится:
- банки последовательностей UniProt и Medline (PubMed)
- парное и множественное выравнивание последовательностей
Инструменты (компьютерные программы), которые предстоит изучить:
- поиск в банках данных (SRS, Entrez-PubMed)
- работа в командной строке Linux (пакет EMBOSS)
- автоматическое парное выравнивание последовательностей белков (needle, water)
- поиск по сходству последовательностей (BLAST)
- автоматическое множественное выравнивание (Muscle)
- работа с имеющимся множественным выравниванием (GeneDoc)
Блок 1: Банки данных
- Интерпертатор командной строки bash
Ю. Коростелев, А. Алексеевский
- Банк данных Uniprot
Ю. Коростелев, А. Алексеевский
- Поисковые системы
А. Алексеевский, Ю. Коростелев
- PubMed
Е.Аксянов, А.Алексеевский
Блок 2: Выравнивание белковых последовательностей
- Понятие о выравнивании
С.А.Спирин
- Программы парного выравнивания
С.А.Спирин
- Программа BLAST
С.Виноградова, С.А.Спирин
- Множественное выравнивание
С.А.Спирин
Блок 3: Семейства белков
- Паттерны. Банк ProSite
С.А.Спирин
- Семейства белков. Pfam, Interpro
А.В.Алексеевский
- Блоки и мотивы: программы MEME и MAST
О.Н.Занегина, А.В.Алексеевский
- PSI-BLAST (вариант BLAST, использующий позиционную матрицу весов)
О.Н.Занегина, А.В.Алексеевский
- Контрольное зачётное задание (6 мая, 11 мая)
(BLAST и Psi-BLAST, MEME, Pfam, выравнивание, разметка)
А.В.Алексеевский, О.Н.Занегина
- Контрольная работа (13 мая,18 мая)
А.В.Алексеевский, О.Н.Занегина
2009
2008
2007
2006
2005
2004
2003
2002