Учебный сайт Николаевой Дарьи

Страница восьмого семестра

1. Практикум №1: знакомство с PyMOL. В этом задании мы привыкали использовать PyMOL как модуль jupyter и учились делать свое первое биомуви.
2. Практикум №2: работа с PyMOL. Знакомимся с возможностями PyMOL как пакета моделирования.
3. Практикум №3: хемоинформатика. Ищем аналог ибупрофена.
4. Практикум №4: аb initio вычисления орбиталей водорода.
5. Практикум №5: семи-эмпирические вычисления (MOPAC) и аb initio вычисления (ORCA).
6. Практикум №6: вычисление параметров для молекулярной механики. Считаем некоторые константы этана для молекулярной механики на основе квантово-химических расчётов.
7. Практикум №7: изучение работы методов контроля температуры в молекулярной динамике.
8. Практикум №8: гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом. Моделируем комплекс лизоцима с лигандом.
9. Практикум №9: докинг низкомолекулярных лигандов в структуру белка.
10. Практикуь №10: макромолекулярный докинг.
11. Практикум №11: молекулярная динамика биологических молекул в GROMACS.
12. Практикум №12: анализ результатов моделирования самосборки липидного бислоя.