Таблица 1.Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре (все параметры определены для атомов цепи А)
| Имена атомов |
Длина связи (А) |
Угол N-H-O (°) |
| Альфа-спирали |
| N(103ASN) - O(99ALA) |
2.95 |
146.3° |
| N(102LEU) - O(98THR) |
3.16 |
155.2° |
| N(101ILE) - O(97GLN) |
3.1 |
146.5° |
| Бета-тяжи |
| N(63SER)- O(75SER) |
3.06 |
157.7° |
| N(77GLY)- O(61HIS) |
2.86 |
156.9° |
| N(61HIS)- O(77GLY) |
2.94 |
149.6° |
Вывод: Приведенные длины связей соответствуют средним значениям водородных связей, которые встречаются в белках 3ű5%. Значения углов находятся в пределах от 100° до 180°, что соответствует определению водородной связи.
Список литературы:
- Мой JSMol-скрипт для белка 6ZYP
- J.K. Myers, C.N. Pace, Hydrogen bonding stabilizes globular proteins, Biophysical Journal, Volume 71, Issue 4, 1996, Pages 2033-2039, ISSN 0006-3495
- Definition of the hydrogen bond (IUPAC Recommendations 2011) Elangannan Arunan, Gautam R. Desiraju, Roger A. Klein and others. Chemistry, vol. 83, no. 8,
2011, pp. 1637-1641.