Визуализация молекулы белка 6ZYP

Таблица 1.Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре (все параметры определены для атомов цепи А)
Имена атомов Длина связи (А) Угол N-H-O (°)
Альфа-спирали
N(103ASN) - O(99ALA) 2.95 146.3°
N(102LEU) - O(98THR) 3.16 155.2°
N(101ILE) - O(97GLN) 3.1 146.5°
Бета-тяжи
N(63SER)- O(75SER) 3.06 157.7°
N(77GLY)- O(61HIS) 2.86 156.9°
N(61HIS)- O(77GLY) 2.94 149.6°


Вывод: Приведенные длины связей соответствуют средним значениям водородных связей, которые встречаются в белках 3ű5%. Значения углов находятся в пределах от 100° до 180°, что соответствует определению водородной связи.

Список литературы:
  1. Мой JSMol-скрипт для белка 6ZYP
  2. J.K. Myers, C.N. Pace, Hydrogen bonding stabilizes globular proteins, Biophysical Journal, Volume 71, Issue 4, 1996, Pages 2033-2039, ISSN 0006-3495
  3. Definition of the hydrogen bond (IUPAC Recommendations 2011) Elangannan Arunan, Gautam R. Desiraju, Roger A. Klein and others. Chemistry, vol. 83, no. 8, 2011, pp. 1637-1641.