Сигналы и мотивы 3


Была выбрана последовательность генома Aequorivita sublithincola DSM 14238.


Бактерия - Aequorivita sublithincola DSM 14238. Были отобраны рестриктазы II типа с известными сайтами рестрикции (Табл. 1). Из таблицы со всеми недопредставленными сайтами рестрикции систем Р-М типа II был получен список подходящих сайтов (>= 4 bp). Их провели через сервис CBcalc. Таким образом были получены данные о представленности этих сайтов в геноме Aequorivita sublithincola DSM 14238. Среди них были отобраны недопредставленные (с O/E < 0.8) и найдены экспериментально предсказанные рестриктазы, специфично режущие по соответствующим сайтам. Поиск рестриктаз осуществлялся с помощью excel и python.
Таблица 1. Рестриктазы II из генома Aequorivita sublithincola DSM 14238 с известными сайтами рестрикции.
Рестриктаза II Сайт рестрикции
M.Asu14238ORF738P CCGG
Asu14238IV CGTRAC
M.Asu14238I, Asu14238IP CATG
M.Asu14238ORF2307P RGCGCY
M.Asu14238ORF3096P CTRYAG

PSI-BLAST

В качестве AC я выбрал C4Z088. Он принадлежит белку, который определяет локализацию септы у грам-положительной бактерии Lachnospira eligens. Также он ингибирует цитокинез через дестабилизацию филаментов белка FtsZ, формирующих Z-кольцо, на месте которого впоследствии образуется септа между новообразованными клетками.
Предполагал, что число находок выше порога стабилизируется после второго запуска PSI-BLAST т.к. считал, что белки ислледуемого семейства имеют высокое сходство друг с другом и низкое сходство с другими семействами.
Но 7 итераций запуска (рис.2) показали, что предположение не подтвердилось.
Рис.2