Множественное выравнивание, эволюционные домены белков.


Выравнивание seed домена было взято из сайта Pfam.

Таблица 1.Информация о домене Антикодон_2
ID DO-GTPase2
AC PF19993
Число последовательностей в Seed 43
Число последовательностей в Full 627


Паттерны составлялись на основе того, какие аминокислоты входят в блок . Из-за большого числа белков в выравнивании и относительно большой длины блоков паттерны могут иметь небольшое покрытие, так как для их нарушения достаточно всего одного несовпадения с аминокислотой из колонки.
Проект

Таблица 2.Блоки и паттерны
Тип блока Паттерн Координаты
Вертикальный плюс-блок (V) [LIV].[CFVIL].G.{4}GK[TS].{2}[MVLI].{7} 3-24
Частичный плюс-блок (P) ARW[ILV] 126-129
Минус-блок (M) - 163-173