Ортологи и Паралоги


Отобранные бактерии
Название Мнемоника
Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Acidothermales; Acidothermaceae; Acidothermus; Acidothermus cellulolyticus ACIC1
Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Micrococcales; Micrococcaceae; Arthrobacter; Arthrobacter sp. ARTS2
Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Micrococcales; Microbacteriaceae; Clavibacter; Clavibacter michiganensis CLAMS
Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Corynebacteriales; Mycobacteriaceae; Mycolicibacterium; Mycolicibacterium vanbaalenii MYCVP
Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Corynebacteriales; Mycobacteriaceae; Mycobacterium; Mycobacterium tuberculosis complex; Mycobacterium tuberculosis MYCTU
Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Corynebacteriales; Corynebacteriaceae; Corynebacterium; Corynebacterium efficiens COREF
Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Rubrobacteria; Rubrobacterales; Rubrobacteraceae; Rubrobacter; Rubrobacter xylanophilus RUBXD
Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Streptomycetales; Streptomycetaceae; Streptomyces; Streptomyces avermitilis STRAW

Задание 1

С использованием команд провели поиск гомологов белка CLPX_ECOLI и получили Список находок, из которого были отдельно выписаны их AC.

Задание 2

В программу Jalview 2.11.2.4 был загружен список находок, там же было построено выравнивание соответствующих последовательностей алгоритмом Muscle. Выравнивание импортированно в прорамму MEGAX методом Analyze. Получено дерево (Newick) алгоритмом Neighbor-joining.

Рис.1. Изображение дерева

Рис.2. Изображение дерева с отмеченными ортологичными группами

Ортологи: CLPX_STRAW и CLPX_MYCTU, Q82EB8_STRAW и A1TG29_MYCVP, Q82EE9_STRAW и B0RHW4_CLAMS.
Паралоги: A0LRB8_ACIC1 и FTSH_ACIC1, Q1AY82_RUBXD и Q1AU05_RUBXD, A0K1M3_ARTS2 и A0K236_ARTS2

Рис.3. Изображение дерева со "схлопнутыми" ортологичными группами

Красная ортологичная группа соответсвует АТФ-связывающей субъединицей АТФ-зависимой протеазы Clp. Этот белок есть у всех выбранных бактерий. Топология у дерева такая же, как и в первом практикуме, но укоренение отличается.
Зеленая ортологичная группа соответствует АТФ-зависимой цинковой металлопротеазой FtsH. Этот белок не был найден у бактерий COREF и RUBXD. Без учёта недостающих белков топология дерева совпадает с деревом из первого практикума.