Знакомство с UniProt


Информация о белке PGLD_CAMJE из базы данных UniProt

Данный белок был получен из бактерии Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168). Это ацетилтрансфераза, которая модифицирует UDP-4-аминосахар с образованием UDP-N,N'-диацетилбациллозамина в пути гликозилирования N-связанного белка (оригинальное название - UDP-N-acetylbacillosamine N-acetyltransferase).

Информация об организме


Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) - спиралевидная не спорообразующая грамотрицательная микроаэрофильная неферментирующая бактерия с одним жгутиком. Она также оксидазо-положительная и наиболее активно размножается при температуре от 37 до 42 °C. Относится к роду бактерий, который наиболее часто является причиной отравлений у людей. Также эта бактерия значительно ускоряет развитие синдрома Гиена-Барре, и реактивного артрита.

Таблица 1.Основные данные о белке PGLD_CAMJE
Раздел UniProt KB Swiss-Prot
UniProt ID PGLD_CAMJE
UniProt AC Q0P9D1
Рекомендуемое название UDP-N-acetylbacillosamine N-acetyltransferase
EMBL ID AL111168
PDB ID 2NPO, 2VHE, 3BFP, 3BSS, 3BSW, 3BSY, 5T2Y, 5TYH
Длина белка (а.о.) 195
Молекулярная масса (Да) 21148


Таблица 2.Сеансы поиска в UniProt
№ Запрос Результат
1 annotation:(type:transmem) AND reviewed:yes AND organism:"Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) [192222]" AND proteome:up000000799 39
2 annotation:(type:transmem) AND reviewed:yes AND organism:"Campylobacter fetus subsp. fetus (strain 82-40) [360106]" AND proteome:up000000760 16
3 annotation:(type:transmem) AND organism:"Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) [192222]" AND proteome:up000000799 346
4 annotation:(type:transmem) AND organism:"Campylobacter fetus subsp. fetus (strain 82-40) [360106]" AND proteome:up000000760 373
5 ec:* AND reviewed:yes AND organism:"Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) [192222]" AND proteome:up000000799 308
6 ec:* AND reviewed:yes AND organism:"Campylobacter fetus subsp. fetus (strain 82-40) [360106]" AND proteome:up000000760 147
7 ec:* AND organism:"Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) [192222]" AND proteome:up000000799 566
8 ec:* AND organism:"Campylobacter fetus subsp. fetus (strain 82-40) [360106]" AND proteome:up000000760 505
9 annotation:(type:mutagen) AND organism:"Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) [192222]" AND proteome:up000000799 8
10 annotation:(type:mutagen) AND organism:"Campylobacter fetus subsp. fetus (strain 82-40) [360106]" AND proteome:up000000760 0
11 name:"udp-n-acetylbacillosamine n-acetyltransferase" 306
12 name:"udp-n-acetylbacillosamine n-acetyltransferase" taxonomy:"Bacteria [2]" 298


Вывод: С помощью расширенного поиска по UniProt удалось получить все необходимые данные для сравнения протеомов бактерий Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) и Campylobacter fetus subsp. fetus (strain 82-40), он позволяет удобно собирать информацию с использованием всех необходимых классификаций.

Анализ гомологичных последовательностей с помощью UniRef

Результат поиска по UniRef100_Q0P9D1

В данном кластере присутствуют 6 записей о белке UDP-N-acetylbacillosamine N-acetyltransferase, 4 из которых относятся к разным штаммам вида Campylobacter jejuni, а остальные к другим видам из рода Campylobacter. "Representative" является изучаемая последовательность. Это может говорить о том, что этот белок был впервые описан у рода Campylobacter.

Результат поиска по UniRef90_Q0P9D1

В данном кластере находятся 164 записи. Изучаемая запись белка также как и в UniRef100 является репрезентативной последовательностью. 163 из них относятся к разным видам рода Campylobacter (большая часть из них - штаммы Campylobacter jejuni) и 1 относится к Escherichia coli(запись о фрагменте белка).

Результат поиска по UniRef50_Q0P9D1

В этом кластере находятся 366 записей. Изучаемая последовательность также является репрезентативной. Из записей можно узнать, что 365 последовательностей белков принадлежат разным видам и штаммам рода Campylobacter и 1, как и в UniRef90, относится к Escherichia coli. Следовательно, изучаемый белок широко распространен среди рода Campylobacter.

Сравнение протеомов

Как видно из таблицы, во всех отображённых категориях у Campylobacter jejuni более чем в два раза выше доля аннотированных белков, чем у Campylobacter fetus. При этом Campylobacter jejuni ускоряет развитие синдрома Гийена—Барре, который выражается в формировании слабости в мышцах рук и ног, которая со временем переходит во временный паралич, который может затрагивать дыхательные и мимические мышцы. В свою очередь Campylobacter fetus вызывает преждевременные роды у овец и крупного рогатого скота. Из данных о количестве белков с успешными мутагенезами можно сделать вывод об успешности и отчасти количестве попыток борьбы с бактерией биоинженерными методами. В совокупности эти данные, полученные из базы UniProt, позволяют сделать вывод об относительном социальном значении этих бактерий, что подтверждается сведениями об их жизнедеятельности, полученными из альтернативных источников.

Таблица 3.Сравнение протеомов
Организм Proteome ID Кол-во аннотированных / Общее кол-во белков Кол-во аннотированных / Общее кол-во траснмембранных белков Кол-во аннотированных / Общее кол-во ферментов Кол-во белков с успешными мутагенезами
Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) proteome:up000000799 467/1623 39/346 308/566 8
Campylobacter fetus subsp. fetus (strain 82-40) proteome:up000000760 235/1715 16/373 147/505 0

Список источников: