ФББ 2013-2014

• I семестр
• II семестр
• III семестр
• IV семестр

В этом семестре мы уже прошли основы работы с Linux и научились пользоваться проистейшими командами bash. Блок 2 посвящён работе с программой Jmol и пространственными структурами белков.

Сделанные практикумы:

• 1. Описание и визуализация пространственной структуры белка дисульфидного обмена Chlorobium tepidum TLS с использованием Jmol
• 2. Внутримолекулярные взаимодействия в структуре белка дисульфидного обмена Chlorobium tepidum TLS (идентификатор PDB - 3GL3).
• 2.1 Остовные водородные связи альфа-спиралей и бета-листов, водородные связи бета-поворота и бета-шпильки
• 2.2 Солевые и водяные мостики
• 2.3 (на примере белка с идентификатором pdb 3GBY) Дисульфидные мостики
• 2.4 Гидрофобные взаимодействия
• 3. Выравнивание последовательностей одного и того же белка из базы данных RefSeq (идентификатор NP_661963.1) и из базы данных PDB (идентификатор 3GL3)"
• 4. Описание областей контакта с лигандами в белке с неизвестной функцией (идентификатор PDB - 3GBY)
• 5. Сравнение пространственной структуры белка с pdb-идентификатором 3GBY и других белков
• 6. Нобелевская премия по физиологии и медицине 1995 года (работа в PubMed)
• 7. Работа в Uniprot и Door2
• 8. Поиск в Uniprot
• 9. Множественные выравнивания
• 10. Предсказание парных выравниваний
• 11. BLAST
• 12. PSI-BLAST
• 13. Множественные выравнивания. Pfam
• 14. Поиск по паттерну (Prosite)