Сравнение доменов SCOP/SCOPe, ECOD, CATH и Pfam
Целью данного практикума было найти границы доменов в выбранном белке(4GUW), соответствующие различным классификациям. Также ниже приведены выдачи различных баз классификации. Видно, что границы доменов везде сильно отличаются, кроме того, CATH считает, что в выбранном белке 2 домена, в то время как другие базы данных выделяют только один.
Таблица. 1. Информация о доменах в белке 4GUW по данным разных баз.
| База данных | Найденные домены | Границы доменов |
|---|---|---|
| Pfam | RIP (PF00161) | 11-200 |
| Scope | d4guwa_ (рис.1) | 1-246 |
| CATH | 4guw01(рис.2) , 4guwA02(рис.3) | 1-162, 163-246 |
| ECOD | e4guwA1(рис.4) | 1-246 |
Рисунок 1. Информация о домене d4guwa_ в Scope.
Рисунок 2. Информация о домене 4guw01 в CATH.
Рисунок 3. Информация о домене 4guwA02 в CATH.
Рисунок 4. Информация о домене e4guwA1 в ECOD.
