Нахождение гидрофобных кластеров

В данном практикуме при помощи программы CLUD необходимо было найти гидрофобные кластеры в своем белке (4GUW). Меняя настройки я нашел два разбиения на водородные кластеры, имеющие, на мой взгляд, возможность соответсвовать реальности - белок имеет два гидрофобных кластера (рис. 1) и белок имеет только один гидрофобный кластер(рис. 2).

Рисунок 1. Два кластера в структуре 4guw. Порог для Clud - 4.5 А.

Рисунок 2. Один кластер в структуре 4guw. Порог для Clud - 5A.

Следующее задание состояло в поиске гидрофобных кластеров на интерфейсе двух цепочек в структуре какого-то белка или комплекса белка с ДНК. Мною был выбран комплекс белка с ДНК 3JSO. При пороге 4.5 получилось хорошее выделение гидрофобных кластеров - видно, что взаимодействие белка с комплексом ДНК осуществляется с существенным вкладом гидрофобных взаимодействий.

Рисунок 3. Гидрофобные кластеры на границы контакта белка с ДНК в структуре 3JSO.