Построение и визуализация электронной плотности

При помощи этого скрипта на pymol были получены все использующиеся в практикуме изображения. В качества исследуемой структуры была выбрана структура 4GUW, доступная для скачивания в PDB. Данные о структуре представлены в таблице 1.

Вначале посмотрим на электронную плотность вокруг полипептидной цепи структуры (таблица 2). В одном случае будем изображать только ее, во втором - плотность во всей ячейке. Видим, что на уровне обрезки 1.5 шум почти полностью убирается (видна только плотность от единицы белка и соседних в ячейке), при этом большая структуры все еще покрыта ею. На уровне обрезки 3 видим, что часть структуры электронной плотности не покрыта

Таблица. 2. Визуализация электронной вокруг всей структуры.

Уровень подрезки (σ)	Электронная плотность только вокруг цепи	Электронная плотность во всей ячейке
0.5
1
1.5
2
2.5
3.0

Теперь посмотрим на плотность в районе различных остатков. (таблица 3). Видим, что для большинства остатков положение остовной части можно определить и при уровне подрезки равном 3, а вот положение боковой цепи уже 1.5 у Arg100 определить невозможно, а при уровне подрезки 3 ее можно определить только у Glu85 и His51

Таблица. 3. Визуализация электронной вокруг отдельны

Остаток	Уровень подрезки 0.5 σ	Уровень подрезки 1 σ	Уровень подрезки 1.5 σ	Уровень подрезки 2 σ	Уровень подрезки 2.5 σ	Уровень подрезки 3 σ
Pro26
Tyr32
His51
Glu85
Arg100

Несмотря на это можно заключить, что качество структуры достаточно высокое (требование к определению положения боковой цепи на большом уровне подрезки достаточно избыточно, да и понятно, что боковые цепи детектировать значительно сложнее). Потому структура прекрасно подходит для дальнейшей работы.