Eritis sicut Deus, scientes bonum et malum

Сайт студента ФББ Пензара Дмитрия

Отчет по качеству РСА расшифровки структуры Построение поверхности Совмещение структур Определение вторичной структуры Файл результатов РСА экспериментов Использование сервисов PDB Интерпретация ЯМР структуры Нахождение гидрофобных кластеров Восстановление электронной плотности Построение и визуализация электронной плотности Восстановление кристалла из PDB файла Сравнение доменов SCOP/SCOPe, ECOD, CATH и Pfam

Файл результатов РСА экспериментов

Был скачан файл структурных факторов для структуры 4GUW с сайта PDB. Скачать файл можно по этой ссылке.
Он был загружен в таблицу Exel и в нем были оставлены колонки отвечающие h, k, l, status (использовался ли он для оптимизации), F(среднее значение структурного фактора) и sigmaF (среднеквадратичное отклонение от среднего).
Также была добавлена колонка Fpower = F/sigmaF, isGood, в которой ставится 1, если Fpower >= 3 и 0 иначе. Кроме того была добавлена колонка labs,отвечающая абсолютной величине l для более удобной сортировки структурных факторов.
Был подсчитан процент структурных факторов с Fpower >=3 - 81%. Из колонки status было получено, что около 95% структурных факторов использовались при оптимизации.
В таблице 1 приведены примеры неизмеренных рефлексов.
Полученный файл в формате Excel можно скачать по этой ссылке

Таблица 1. Пример неизмеренных рефлексов

h k l
0 1 6
0 1 18
0 1 21
0 3 23
0 7 15















Дата последнего изменения: 04.02.2015
Все материалы разрешается использовать только при извещении правообладателя.
© Penzar Dmitry. All rights reserved.
Flag Counter Valid HTML 4.01 Strict Valid CSS!