Использование сервисов PDB

Целью данного практикума было научиться пользоваться возможностями Advanced Search на PDB. Были выполнены следующие заданния:

1. Скачайте все последовательности белков, структуры которых определенны при помощи метода электронной микроскопии -
   Запрос :

   Experimental Method is ELECTRON MICROSCOPY

   Архив с последовательностями белков в формате fasta
2. Получите Excel таблицу структур филаментов, определенных при помощи метода электронной микроскопии. Отфильтруйте так, чтобы не оставалось белков со сходством выше 50% идентичных остатков. В таблице должны быть указаны: PDB код; название структуры; метод решения; разрешение и разрешение метода EM; классификация; главная публикация.
   Запрос:

    EmAssemblyQuery: em_assembly.aggregation_state.value=FILAMENT

   Далее использовался Custom Report и были оставлены по одной из записей для каждого кластера по сходству 50%. Таблица Exel
3. Получить список идентификаторов всех структур, у которых в ассиметричной ячейке > 10 белковых единиц, а в Biological Assembly - ровно 1, они имеют лиганд и имеются выложенные экспериментальные данные, по которым структура получена. Кроме того в структуре есть дисульфидная связь.
   Запрос:

    EmAssemblyQuery: Link records: 
   Link connection type is disulfide_bridge 
   and Component is and Atom label is and Connected component is 
   and Connected atom label is 
   and Experimental Method is X-RAY and has Experimental Data and 
   Number of Chains Search : Min Number of Chains=10 and 
   Oligomeric state Search : Min Number of oligomeric state=1 
   Max Number of oligomeric state=1 
   and Ligand Search : Has free ligands=yes

   Файл с идентификаторами