Интерпретация ЯМР структуры

Для данного практикума были выбраны структуры белка холодного шока из E.coli, 1MJC - получена РСА, разрешение структуры 2.0А 3MEF - получена ЯМР, 16 моделей Из рис. 1 видно, что структуры совмещаются хорошо, т.е их можно использовать для дальнейшего выполнения практикума.

Рисунок 1. Совмещение структуры, полученной ЯМР (голубой) и РСА (зеленый). Видно, что структуры хорошо совмещаются.

Были выбраны три водородных связи в структуре РСА и для них измерены параметры в ЯМР. Информация о связях приведена таблице 1.

Таблица. 1. Информация о выбранных водородных связях.

Описание	Донор	Акцептор	Вид в 1MJC	Вид 3MEF
Находится в ядре, оставная	PHE20:N	TRP11:O
На границе ядра, между боковыми группами,	LYS10:NZ	ASP29:OD2
В петле	ASP15:N	ASN13:OD1

Информация о параметрах этих связей в ЯМР таблице 2. Видно, что водородная связь в ядре белка между остовными атомами сохраняется, что ожидаемо, наличие водородной связи в петле было более лабильно. Неожиданные результат состоит в том, что выбранная водородная связь в ядре белка между боковыми не сохранилась. Это может быть связано с тем, что за неимением другой была взята связь на границе ядра или с ошибкой расшифровки РСА. Полную таблицу можно скачать по этой ссылке.