Поиск семейств гомологов с помощью PSI-BLAST

Для работы я выбрала последовательность с идентификатором Q65664 в базе данных UniProt. Саму аминокислотную последовательность можно посмотреть здесь.

Семейство гомологов этого белка я искала по базе данных Ref_Seq. Результаты каждой итерации занесены в таблицу 1.

Как видно из таблицы, уже после первой итерации было найдено семейство гомологов. Вторая итерация увеличила разницу E-value худшей находки выше порога и лучшей ниже порога. Дальнейшие итерации ничего не меняют, так как матрица выравнивания не изменится.

Эти белки являются белками оболочки вирусов одного рода. Выравнивание этих 6 белков можно посмотреть в fasta-формате или скачать проект в формате jar.

В этом выравнивании довольно много консервативных блоков. 24% аминокислот полностью совпадают, что является высоким процентом для 6 последовательностей. 38,5% позиций консервативны функционально.

Фрагмент выравнивания найденных белков можно увидеть на рисунке 1.

Рисунок 1. Фрагмент выравнивания найденных белков. Рисунок получен с помощью Jalview, покраска по типу Clustalx при консервативности более 70%

Белок в этом семействе с самым высоким E-value (2e-132) имеет идентификатор в базе данных UniProt P03602 (находится в SwissProt). Записи в UniProt этого белка и исходного очень схожи, это белки одного организма, выполняющие одну и ту же функцию. E-value показывает, что первичная структура также очень сходна.

Я построила их выравнивание с помощью BLAST. Из 189 аминокислот не совпадает только 3 (при чем одна пара лейцин - изолейцин функционально аналогична). Выравнивание не содержит гепов. Поэтому есть возможность того, что это один и тот же белок.