Визуализация поверхностей с помощью Pymol

Для этого практикума я использовала структуру пуринового рецептора Escherichia coli, идентификатор в базе данных PDB - 1QQB. В асимметрической единице описанного в файле pdb кристалла лежит мономер этого рецептора - не функциональная с биологической точки зрения молекула и одна из цепей ДНК. Второй мономер и комплементарную цепь можно визуализовать, достроив асимметрическую едиинцу с помощью соманды symexp.

Для выбранного набора атомов можно визуализовать их поверхность (surface). Результат таких действий приведен на рисунках 1-3, где изображено взаимодействие мономеров (рисунок 1), поверхность белка, контактирующая с ДНК (рисунок 2) и поверхность ДНК, контактирующая с рецептором (рисунок 3).

Рисунок 1. Поверхность взаимодействия мономеров пуринового репрессора. Мономеры показаны разными цветами, ДНК - желтым цветом. Изображение получено с помощью Pymol

Рисунок 2. Поверхность взаимодействия димера пуринового репрессора с ДНК. Мономеры показаны разными цветами, ДНК - желтым цветом. Изображение получено с помощью Pymol

Рисунок 3. Поверхность взаимодействия ДНК с димером пуринового репрессора. Мономеры показаны разными цветами, ДНК - желтым цветом. Изображение получено с помощью Pymol

Для поиска гидрофобных кластеров в области контакта двух мономеров я использовался сервис Clud. в области контакта мономеров был определен только 1 гидрофобный кластер (порог расстояния составлял 4.0Å), состоящий из 11 углеродных атомов в каждом мономере (рисунок 4). В него включены атомы 283 фенилаланина и 252 метионина.

Рисунок 4. Гидрофобный кластер в области контакта мономеров пуринового рецептора. Мономеры показаны розовым цветом, атомы гидрофобного кластера - красным, ДНК - желтым цветом. Изображение получено с помощью Pymol