Восьмой семестр
- Анализ молекулярной динамики биологических молекул в GROMACS
- Молекулярная динамика биологических молекул в GROMACS
- Вычисление параметров для молекулярной механики (ГРАФИКИ)
- Ab initio вычисления для нафталина и азулена
- Работа с Pymol
- Макромолекулярный докинг
Седьмой семестр
Четвёртый семестр
- Филогенетические деревья
- Деревья - II
- Деревья - III. Укоренение и бутстреп
- Деревья - IV. Реконструкция деревьев по нуклеотидным последовательностям. Деревья. содержащие паралоги.
- Классификация ферментов (EC)
- KEGG
- Функциональная роль гена в подсистеме. GO, SEED
- Мембранные белки
- Эволюционные домены I-II
- Профили
Третий семестр
- Химическая структура нуклеиновых кислот
- A- и В- формы ДНК. Структура РНК
- Комплексы ДНК-белок
- Нуклеотидные банки данных
- Online BLAST
- Standalone BLAST
- EMBOSS
- Геномные браузеры
Второй семестр
- Описания программ
- UniProt
- SRS
- Pubmed. Информация о белке Cdk2
- Парное выравнивание. Матрицы замен. water и needle
- BLAST
- Множественное выравнивание
- Паттерны и банк PROSITE
- Эволюционные домены. Банки Pfam и InterPro
- Поиск мотивов, программы MEME и MAST
- Использование PSI-BLAST для поиска отдаленных гомологов
Работы первого семестра
Оксалат-декарбоксилаза Baccilus subtilis
- Информация о белке
- Внутримолекулярные взаимодействия в структуре с PDB кодом 2V09
- Описание области контакта белка и лиганда Mn2+ в структуре 2V09
Methylocella silvestris