Гидрофобные взаимодействия в белке-регуляторе транскрипции Syntrophus aciditrophicus SB

Гидрофобный тип взаимодействия очень важен для формирования структуры белков, он во многом определяет третичную структуру белков. Однако никакого гидрофобное взаимодействие как таковое не существует. Расположение гидрофобных радикалов в центре молекулы энергетически более выгодно.

Как видно на рисунке 1, так и происходит. В центре молекулы находятся гидрофобные радикалы (в шариковой модели), они окружены гидрофильными (в проволочной). Как гидрофобные выделены алифатические: аланин, валин, глицин, лейцин и изолейцин, ароматические: тирозин, триптофан и фенилаланин, циклический пролин и серосодержащий метионин. Пролин, тирозин и аланин, во-видимому, выполняют функции контакта с каким-либо субстратом и из-за этого выделяются из гидрофобного кластера.

Рисунок 1. Гидрофобный кластер в белке-регуляторе транскрипции. Атомы покрашены в соответствии с их природой